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- PDB-5ll6: Structure of the 40S ABCE1 post-splitting complex in ribosome rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ll6
タイトルStructure of the 40S ABCE1 post-splitting complex in ribosome recycling and translation initiation
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 18
  • 18S ribosomal RNA
  • Translation initiation factor RLI1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / ABCE1 / recycling (リサイクル) / 40S
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / : / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition ...ribosome disassembly / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / : / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ribosomal subunit export from nucleus / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal small subunit binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / translational termination / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / ribosome assembly / translation initiation factor activity / small-subunit processome / positive regulation of translation / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / iron ion binding / mRNA binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Phosducin; domain 2 / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2650 / Ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S8e, subdomain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #1000 / Ribosomal protein S4, central domain / Phosducin; domain 2 / Ribosomal protein S21 / Alpha-Beta Plaits - #3370 / Hypothetical Cytosolic Protein; Chain: A; / Ribosomal protein S27 / first zn-finger domain of poly(adp-ribose) polymerase-1 / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #30 / RNA-binding S4 domain / Dna Ligase; domain 1 - #10 / Ribosomal protein S11/S14 / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / S15/NS1, RNA-binding / SH3 type barrels. - #30 / 4Fe-4S binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / N-terminal domain of TfIIb / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Double Stranded RNA Binding Domain / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal family S4e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Single Sheet / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 鉄・硫黄クラスター / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 鉄・硫黄クラスター / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein eS26A / Translation initiation factor RLI1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Heuer, A. / Gerovac, M. / Schmidt, C. / Trowitzsch, S. / Preis, A. / Koetter, P. / Berninghausen, O. / Becker, T. / Beckmann, R. / Tampe, R.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of the 40S-ABCE1 post-splitting complex in ribosome recycling and translation initiation.
著者: André Heuer / Milan Gerovac / Christian Schmidt / Simon Trowitzsch / Anne Preis / Peter Kötter / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Roland Beckmann / Robert Tampé /
要旨: The essential ATP-binding cassette protein ABCE1 splits 80S ribosomes into 60S and 40S subunits after canonical termination or quality-control-based mRNA surveillance processes. However, the ...The essential ATP-binding cassette protein ABCE1 splits 80S ribosomes into 60S and 40S subunits after canonical termination or quality-control-based mRNA surveillance processes. However, the underlying splitting mechanism remains enigmatic. Here, we present a cryo-EM structure of the yeast 40S-ABCE1 post-splitting complex at 3.9-Å resolution. Compared to the pre-splitting state, we observe repositioning of ABCE1's iron-sulfur cluster domain, which rotates 150° into a binding pocket on the 40S subunit. This repositioning explains a newly observed anti-association activity of ABCE1. Notably, the movement implies a collision with A-site factors, thus explaining the splitting mechanism. Disruption of key interactions in the post-splitting complex impairs cellular homeostasis. Additionally, the structure of a native post-splitting complex reveals ABCE1 to be part of the 43S initiation complex, suggesting a coordination of termination, recycling, and initiation.
履歴
登録2016年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.name
改定 1.32018年11月21日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4071
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4071
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S ribosomal RNA
P: 40S ribosomal protein S0-A
Q: 40S ribosomal protein S1-A
R: 40S ribosomal protein S2
S: 40S ribosomal protein S4-A
T: 40S ribosomal protein S6-A
U: 40S ribosomal protein S7-A
V: 40S ribosomal protein S8-A
W: 40S ribosomal protein S9-A
X: 40S ribosomal protein S11-A
Y: 40S ribosomal protein S13
Z: 40S ribosomal protein S14-A
a: 40S ribosomal protein S21-A
b: 40S ribosomal protein S22-A
c: 40S ribosomal protein S23-A
d: 40S ribosomal protein S24-A
e: 40S ribosomal protein S26-A
f: 40S ribosomal protein S27-A
g: 40S ribosomal protein S30-A
h: Translation initiation factor RLI1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)991,67225
ポリマ－989,93220
非ポリマー1,7405
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area128260 Å2
ΔGint-1033 kcal/mol
Surface area301710 Å2
手法PISA

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要素

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40S ribosomal protein ... , 18種, 18分子 PQRSTUVWXYZabcdefg

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / リボソーム / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32905
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / リボソーム / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33442
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25443
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / リボソーム / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-A / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX35
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / リボソーム / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-A / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX37
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / リボソーム / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26786
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / リボソーム / RP19 / S14 / Small ribosomal subunit protein eS8-A / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX39
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / リボソーム / RP21 / S13 / Small ribosomal subunit protein uS4-A / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O13516
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / リボソーム / RP41 / S18 / Small ribosomal subunit protein uS17-A / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX47
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05756
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / リボソーム / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P06367
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / リボソーム / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0V8
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / リボソーム / RP50 / S24 / Small ribosomal subunit protein uS8-A / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W1
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / リボソーム / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX29
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / リボソーム / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX31
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S26-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS26-A


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P39938
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / リボソーム / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P35997
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / リボソーム / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX33

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 2h

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 579126.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 874346701
#20: タンパク質 Translation initiation factor RLI1 / ATP-binding cassette sub-family E member RLI1 / RNase L inhibitor


分子量: 68433.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03195

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非ポリマー , 3種, 5分子

#21: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#22: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#23: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 40S-ABCE1 complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#35 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 1.2 MDa / 実験値: YES
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMPotassium acetateKOAc1
35 mMMagnesium acetateMgOAc1
4DithiothreitolジチオトレイトールDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified 40S ribosomal subunits were reconstituted with purified recombinantly expressed ABCE1
試料支持グリッドの材料: COPPER/PALLADIUM / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / Calibrated defocus min: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 2.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2EM-Tools画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14REFMACモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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