[日本語] English
万見
- PDB-5ljw: MamK non-polymerising A278D mutant bound to AMPPNP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ljw
タイトルMamK non-polymerising A278D mutant bound to AMPPNP
要素Actin-like ATPase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / bacterial cytoskeleton (原核生物の細胞骨格) / filamentous protein / actin-like (アクチン) / magnetosomes
機能・相同性
機能・相同性情報


magnetosome assembly / magnetosome membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 細胞骨格 / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MreB/Mbl protein / ATPase, nucleotide binding domain / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Actin-like protein MamK
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magneticum AMB-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lowe, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)U105184326 英国
Wellcome Trust095514/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: X-ray and cryo-EM structures of monomeric and filamentous actin-like protein MamK reveal changes associated with polymerization.
著者: Jan Löwe / Shaoda He / Sjors H W Scheres / Christos G Savva /
要旨: Magnetotactic bacteria produce iron-rich magnetic nanoparticles that are enclosed by membrane invaginations to form magnetosomes so they are able to sense and act upon Earth's magnetic field. In ...Magnetotactic bacteria produce iron-rich magnetic nanoparticles that are enclosed by membrane invaginations to form magnetosomes so they are able to sense and act upon Earth's magnetic field. In Magnetospirillum and other magnetotactic bacteria, to combine their magnetic moments, magnetosomes align along filaments formed by a bacterial actin homolog, MamK. Here, we present the crystal structure of a nonpolymerizing mutant of MamK from Magnetospirillum magneticum AMB-1 at 1.8-Å resolution, revealing its close similarity to actin and MreB. The crystals contain AMPPNP-bound monomeric MamK in two different conformations. To investigate conformational changes associated with polymerization, we used unmodified MamK protein and cryo-EM with helical 3D reconstruction in RELION to obtain a density map and a fully refined atomic model of MamK in filamentous form at 3.6-Å resolution. The filament is parallel (polar) double-helical, with a rise of 52.2 Å and a twist of 23.8°. As shown previously and unusually for actin-like filaments, the MamK subunits from each of the two strands are juxtaposed, creating an additional twofold axis along the filament. Compared with monomeric MamK, ADP-bound MamK in the filament undergoes a conformational change, rotating domains I and II against each other to further close the interdomain cleft between subdomains IB and IIB. The domain movement causes several loops to close around the nucleotide-binding pocket. Glu-143, a key residue for catalysis coordinating the magnesium ion, moves closer, presumably switching nucleotide hydrolysis upon polymerization-one of the hallmarks of cytomotive filaments of the actin type.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Actin-like ATPase
B: Actin-like ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4336
ポリマ－75,3722
非ポリマー1,0614
水9,656536
1
A: Actin-like ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2173
ポリマ－37,6861
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Actin-like ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2173
ポリマ－37,6861
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.572, 71.803, 79.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Actin-like ATPase / MamK


分子量: 37686.160 Da / 分子数: 2 / 変異: A278D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magneticum AMB-1 (バクテリア)
遺伝子: amb0965 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2W8Q6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES pH 7.3, 48 % (w/v) PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 138054 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1810精密化
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→44.858 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.71 / 位相誤差: 21.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2064 6665 4.95 %
Rwork0.1781 --
obs0.1795 134653 91.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.858 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4989 0 64 536 5589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4066981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.341917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007901
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82050.34132180.32524520X-RAY DIFFRACTION96
1.8205-1.84190.32342420.30854393X-RAY DIFFRACTION94
1.8419-1.86440.33732330.28734457X-RAY DIFFRACTION96
1.8644-1.8880.31812410.26764469X-RAY DIFFRACTION95
1.888-1.91280.2822590.25314395X-RAY DIFFRACTION96
1.9128-1.9390.24292610.23444428X-RAY DIFFRACTION95
1.939-1.96670.271840.2244512X-RAY DIFFRACTION96
1.9667-1.99610.25272530.21644484X-RAY DIFFRACTION95
1.9961-2.02720.272470.21774437X-RAY DIFFRACTION95
2.0272-2.06050.2052520.2014390X-RAY DIFFRACTION95
2.0605-2.0960.2452290.20244440X-RAY DIFFRACTION95
2.096-2.13410.2472300.20454454X-RAY DIFFRACTION95
2.1341-2.17520.19382220.1914430X-RAY DIFFRACTION94
2.1752-2.21960.20732260.18714507X-RAY DIFFRACTION96
2.2196-2.26780.20442050.18394475X-RAY DIFFRACTION94
2.2678-2.32060.24742190.17484296X-RAY DIFFRACTION92
2.3206-2.37860.21822220.17394253X-RAY DIFFRACTION92
2.3786-2.44290.21471990.1754299X-RAY DIFFRACTION91
2.4429-2.51480.19672210.17414247X-RAY DIFFRACTION91
2.5148-2.5960.22012340.17264182X-RAY DIFFRACTION90
2.596-2.68870.22681890.17614242X-RAY DIFFRACTION89
2.6887-2.79640.20712250.17063998X-RAY DIFFRACTION87
2.7964-2.92360.20862160.17834026X-RAY DIFFRACTION86
2.9236-3.07770.23352220.18193980X-RAY DIFFRACTION86
3.0777-3.27050.21451970.18273764X-RAY DIFFRACTION81
3.2705-3.52290.19182300.17593807X-RAY DIFFRACTION82
3.5229-3.87730.18082120.15813734X-RAY DIFFRACTION81
3.8773-4.43790.14981880.14253928X-RAY DIFFRACTION83
4.4379-5.58960.15481910.14974131X-RAY DIFFRACTION88
5.5896-44.87230.20251980.17044310X-RAY DIFFRACTION92

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る