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- PDB-5li0: 70S ribosome from Staphylococcus aureus -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5li0
タイトル70S ribosome from Staphylococcus aureus
記述子(30S ribosomal protein ...) x 19
(50S ribosomal protein ...) x 28
キーワードRIBOSOME / pathogenic ribosome / bL31 B-type / ribosome
試料の由来Staphylococcus aureus (strain nctc 8325) / バクテリア
手法電子顕微鏡 (3.8 Å 分解能 / Particle / 単粒子解析)
データ登録者Khusainov, I. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Grosse, F. / Myasnikov, A. / Menetret, J.F. / Chicher, J. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupova, G. / Yusupov, M. / Hashem, Y.
引用Nucleic Acids Res., 2016, 44, 10491-10504

Nucleic Acids Res., 2016, 44, 10491-10504 万見文献
Structure of the 70S ribosome from human pathogen Staphylococcus aureus.
Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem

構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2016年7月13日 / 公開: 2016年12月28日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02016年12月28日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年8月30日Structure modelData collection / Derived calculationsem_software / struct_conn_em_software.name

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4050
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
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方向 Rotation
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ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
D: 50S ribosomal protein L2
E: 50S ribosomal protein L3
F: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L5
H: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L25
Z: 50S ribosomal protein L27
0: 50S ribosomal protein L28
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S ribosomal protein L31 type B
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S ribosomal protein L33 2
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,097,74091
ポリマ-2,096,77750
非ポリマ-96341
2,918162
#1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)242610
ΔGint (kcal/M)-2240
Surface area (Å2)785920
手法PISA

-
構成要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB

#1: RNA鎖16S ribosomal RNA


分子量: 500464.406 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: GenBank: 87201381
#21: RNA鎖23S ribosomal RNA


分子量: 945058.562 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325)
参照: GenBank: 87201381
#22: RNA鎖5S ribosomal RNA


分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: GenBank: 87201381

+
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijk...

#2: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S2


分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FZ25

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#3: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S3


分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW12

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#4: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S4


分子量: 22920.221 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FXK6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#5: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S5


分子量: 17639.314 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW23

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#6: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S6


分子量: 11368.879 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2G113

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#7: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S7


分子量: 17167.736 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: P48940

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#8: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S8


分子量: 14723.118 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW20

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#9: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S9


分子量: 14440.450 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW39

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • translation (GO: 0006412)
#10: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S10


分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q931G5

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#11: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S11


分子量: 12562.294 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW31

細胞要素

分子機能

生物学的過程

  • maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (GO: 0000462)
  • ribosomal small subunit assembly (GO: 0000028)
  • translation (GO: 0006412)
#12: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S12


分子量: 15131.598 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q5HID0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#13: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S13


分子量: 13487.543 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW30

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#14: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7186.573 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW19

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#15: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S15


分子量: 10503.135 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2G2Q1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#16: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S16


分子量: 10122.690 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FZ45

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#17: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S17


分子量: 10065.691 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW15

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#18: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S18


分子量: 8418.959 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2G111

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#19: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S19


分子量: 9605.988 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW10

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#20: L型ポリペプチド30S ribosomal protein S20


分子量: 8708.018 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FXY6

細胞要素

分子機能

生物学的過程

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 DEFGHMNOPQ...

#23: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L2


分子量: 29956.789 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: P60430

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#24: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L3


分子量: 23499.877 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW06

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#25: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L4


分子量: 21666.725 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW07

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#26: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L5


分子量: 18729.721 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW18

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#27: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L6


分子量: 18296.711 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW21

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#28: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L13


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW38

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#29: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L14


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW16

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#30: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L15


分子量: 14193.304 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: P0A0F8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#31: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L16


分子量: 15943.755 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW13

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#32: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L17


分子量: 13420.350 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW33

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#33: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L18


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW22

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#34: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L19


分子量: 12594.825 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FZ42

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#35: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L20


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FXQ1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#36: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L21


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FXS8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#37: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L22


分子量: 12328.358 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW11

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#38: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L23


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW08

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#39: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L24


分子量: 10976.878 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW17

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#40: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L25 / General stress protein CTC


分子量: 10522.318 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2G0S0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#41: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L27


分子量: 8911.099 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FXT0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#42: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L28


分子量: 5312.262 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FZ60

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#43: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L29


分子量: 7660.762 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW14

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#44: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L30


分子量: 6305.308 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: P0A0G2

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#45: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L31 type B


分子量: 9737.912 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FWD8

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#46: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L32


分子量: 6397.427 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FZF1

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#47: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L33 2


分子量: 4711.371 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FY22

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#48: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L34


分子量: 5323.446 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FUQ0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#49: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L35


分子量: 6985.402 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FXQ0

細胞要素

分子機能

生物学的過程

#50: L型ポリペプチド50S ribosomal protein L36


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) / 参照: UniProt: Q2FW29

細胞要素

分子機能

生物学的過程

-
非ポリマー , 4種, 203分子

#51: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 31 / : Mg
#52: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 9 / : O
#53: 化合物ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / : Zn
#54: 水ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: ELECTRON MICROSCOPY
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: SINGLE PARTICLE

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome from Staphylococcus aureus / タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325)
緩衝液詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT
pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 kelvins / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影平均照射時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3850
画像スキャン動画フレーム数/画像: 17 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2341: / 分類: refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリImage processing IDImaging IDFitting ID
1Xmipp3PARTICLE SELECTION1
2EPUIMAGE ACQUISITION1
4CTFFIND4CTF CORRECTION1
7VMD1.9.2MODEL FITTING1
8NAMD2MODEL FITTING1
10PHENIX1.10.1-2155MODEL REFINEMENT1
11PHENIXdev-2341MODEL REFINEMENT1
12Erraser1.10.1-2155MODEL REFINEMENT1
13RELION1.3INITIAL EULER ASSIGNMENT1
14RELION1.3FINAL EULER ASSIGNMENT1
15RELION1.3CLASSIFICATION1
16RELION1.3RECONSTRUCTION1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 423497
3次元再構成分解能: 3.8 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築精密化のプロトコル: OTHER / 精密化に使用した空間: REAL
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011246899
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.183443889
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.669107275
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05529332
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00621135

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万見について

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お知らせ

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2017年10月4日: この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

この分野の3人の先駆者が、ノーベル化学賞を受賞しました

  • Jacques Dubochet (University of Lausanne, Switzerland)は、電子顕微鏡試料の氷包埋法(いわゆるクライオ電顕法)を開発しました。EMDBやPDBにある電子顕微鏡のエントリの大多数がこの方法を利用しています。
  • Joachim Frank (Columbia University, New York, USA)は、単粒子解析法を開拓しました。EMDBとPDBの電子顕微鏡エントリの大多数がこの解析法によるものです。また、広く利用されている画像解析ソフトェア「Spider」の開発者でもあります。EM Navigatorでもマップデータの画像作成などにSpiderを利用しています。
  • Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge, UK)は電子顕微鏡による生体分子の立体構造解析の始祖です。電子顕微鏡による最初のPDBエントリであるPDB-1brdは、彼によるものです。

外部リンク: The 2017 Nobel Prize in Chemistry - Press Release

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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