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- PDB-5li0: 70S ribosome from Staphylococcus aureus -

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基本情報

エントリ情報
データベース: PDB / ID: 5li0
タイトル70S ribosome from Staphylococcus aureus
構成要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • 16S ribosomal RNA16S rRNA系統解析
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / pathogenic ribosome / bL31 B-type / ribosome (リボソーム)
機能・相同性L28p-like / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / L21-like superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily ...L28p-like / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / L21-like superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal protein L35 / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L21-like / Ribosomal protein L31 type B / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / KH domain / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L5 signature. / S4 domain / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L3 signature. / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1.
機能・相同性情報
試料の由来Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
実験手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 3.8 Å 分解能
データ登録者Khusainov, I. / Vicens, Q. / Bochler, A. / Grosse, F. / Myasnikov, A. / Menetret, J.F. / Chicher, J. / Marzi, S. / Romby, P. / Yusupova, G. / Yusupov, M. / Hashem, Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2016
タイトル: Structure of the 70S ribosome from human pathogen Staphylococcus aureus.
著者: Iskander Khusainov / Quentin Vicens / Anthony Bochler / François Grosse / Alexander Myasnikov / Jean-François Ménétret / Johana Chicher / Stefano Marzi / Pascale Romby / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Yaser Hashem
要旨: Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact ...Comparative structural studies of ribosomes from various organisms keep offering exciting insights on how species-specific or environment-related structural features of ribosomes may impact translation specificity and its regulation. Although the importance of such features may be less obvious within more closely related organisms, their existence could account for vital yet species-specific mechanisms of translation regulation that would involve stalling, cell survival and antibiotic resistance. Here, we present the first full 70S ribosome structure from Staphylococcus aureus, a Gram-positive pathogenic bacterium, solved by cryo-electron microscopy. Comparative analysis with other known bacterial ribosomes pinpoints several unique features specific to S. aureus around a conserved core, at both the protein and the RNA levels. Our work provides the structural basis for the many studies aiming at understanding translation regulation in S. aureus and for designing drugs against this often multi-resistant pathogen.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2016年7月13日 / 公開: 2016年12月28日
改定日付Data content typeGroupCategoryItemProviderタイプ
1.02016年12月28日Structure modelrepositoryInitial release
1.12017年8月30日Structure modelData collection / Derived calculationsem_software / struct_conn_em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4050
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
a: 16S ribosomal RNA
b: 30S ribosomal protein S2
c: 30S ribosomal protein S3
d: 30S ribosomal protein S4
e: 30S ribosomal protein S5
f: 30S ribosomal protein S6
g: 30S ribosomal protein S7
h: 30S ribosomal protein S8
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14 type Z
o: 30S ribosomal protein S15
p: 30S ribosomal protein S16
q: 30S ribosomal protein S17
r: 30S ribosomal protein S18
s: 30S ribosomal protein S19
t: 30S ribosomal protein S20
A: 23S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
D: 50S ribosomal protein L2
E: 50S ribosomal protein L3
F: 50S ribosomal protein L4
G: 50S ribosomal protein L5
H: 50S ribosomal protein L6
M: 50S ribosomal protein L13
N: 50S ribosomal protein L14
O: 50S ribosomal protein L15
P: 50S ribosomal protein L16
Q: 50S ribosomal protein L17
R: 50S ribosomal protein L18
S: 50S ribosomal protein L19
T: 50S ribosomal protein L20
U: 50S ribosomal protein L21
V: 50S ribosomal protein L22
W: 50S ribosomal protein L23
X: 50S ribosomal protein L24
Y: 50S ribosomal protein L25
Z: 50S ribosomal protein L27
0: 50S ribosomal protein L28
1: 50S ribosomal protein L29
2: 50S ribosomal protein L30
3: 50S ribosomal protein L31 type B
4: 50S ribosomal protein L32
5: 50S ribosomal protein L33 2
6: 50S ribosomal protein L34
7: 50S ribosomal protein L35
8: 50S ribosomal protein L36
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,097,74091
ポリマ-2,096,77750
非ポリマ-96341
2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area (Å2)242610
ΔGint (kcal/M)-2240
Surface area (Å2)785920
実験手法PISA

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構成要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 aAB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16S rRNA系統解析


分子量: 500464.406 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 87201381
#21: RNA鎖 23S ribosomal RNA /


分子量: 945058.562 Da / 分子数: 1
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 87201381
#22: RNA鎖 5S ribosomal RNA /


分子量: 36692.801 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: GenBank: 87201381

+
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst

#2: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S2 /


分子量: 29136.369 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ25
#3: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S3 /


分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW12
#4: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S4 /


分子量: 22920.221 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXK6
#5: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S5 /


分子量: 17639.314 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW23
#6: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S6 /


分子量: 11368.879 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G113
#7: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S7 /


分子量: 17167.736 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P48940
#8: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S8 /


分子量: 14723.118 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW20
#9: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S9 /


分子量: 14440.450 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW39
#10: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S10 /


分子量: 11600.520 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q931G5
#11: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 12562.294 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW31
#12: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 15131.598 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q5HID0
#13: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S13 /


分子量: 13487.543 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW30
#14: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S14 type Z / リボソーム


分子量: 7186.573 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW19
#15: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10503.135 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G2Q1
#16: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S16 /


分子量: 10122.690 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ45
#17: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S17 /


分子量: 10065.691 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW15
#18: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S18 /


分子量: 8418.959 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G111
#19: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S19 /


分子量: 9605.988 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW10
#20: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S20 /


分子量: 8708.018 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXY6

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 DEFGHMNOPQRSTUVWXYZ012345678

#23: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L2 /


分子量: 29956.789 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P60430
#24: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 23499.877 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW06
#25: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 21666.725 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW07
#26: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L5 /


分子量: 18729.721 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW18
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L6 /


分子量: 18296.711 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW21
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16359.427 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW38
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13157.342 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW16
#30: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 14193.304 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P0A0F8
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15943.755 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW13
#32: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L17 /


分子量: 13420.350 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW33
#33: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L18 /


分子量: 13124.093 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW22
#34: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 12594.825 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ42
#35: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L20 /


分子量: 13459.919 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXQ1
#36: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L21 /


分子量: 11354.081 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXS8
#37: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12328.358 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW11
#38: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L23 /


分子量: 10380.100 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW08
#39: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L24 /


分子量: 10976.878 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW17
#40: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L25 / / General stress protein CTC


分子量: 10522.318 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2G0S0
#41: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L27 /


分子量: 8911.099 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXT0
#42: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 5312.262 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZ60
#43: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7660.762 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW14
#44: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L30 /


分子量: 6305.308 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P0A0G2
#45: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L31 type B / リボソーム


分子量: 9737.912 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FWD8
#46: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6397.427 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FZF1
#47: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 2 / リボソーム


分子量: 4711.371 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FY22
#48: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5323.446 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FUQ0
#49: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 6985.402 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FXQ0
#50: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 /


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1
由来: (天然) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q2FW29

-
非ポリマー , 4種, 203分子

#51: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 31 / : Mg / マグネシウム
#52: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM


分子量: 15.999 Da / 分子数: 9 / : O / 酸素
#53: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / : Zn / 亜鉛
#54: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / : H2O /

-
実験情報

-
実験

実験実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: 70S ribosome from Staphylococcus aureusリボソーム
タイプ: RIBOSOME
Entity ID: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
緩衝液詳細: 5 mM Hepes-KOH pH 7.5 50 mM KCl 10 mM NH4Cl 10 mM Mg(OAc)2 1 mM DTT
pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 kelvins / 詳細: blot force 5, blot waiting time 30 s

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影平均照射時間: 1 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3850
画像スキャン動画フレーム数/画像: 17 / 利用したフレーム数/画像: 2-8

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_2341: / 分類: refinement
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Xmipp3particle selection
2EPUimage acquisition
4CTFFIND4CTF correction
7VMD1.9.2model fitting
8NAMD2model fitting
10PHENIX1.10.1-2155model refinement
11PHENIXdev-2341model refinement
12Erraser1.10.1-2155model refinement
13RELION1.3initial Euler assignment
14RELION1.3final Euler assignment
15RELION1.3classification
16RELION1.33D reconstruction
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 423497
3次元再構成分解能: 3.8 Å / 分解能の評価方法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 8 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築精密化のプロトコル: OTHER / 精密化に使用した空間: REAL
精密化中の拘束条件
Refine IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.011246899
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.183443889
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.669107275
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05529332
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00621135

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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