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- PDB-5ldo: Crystal structure of E.coli LigT complexed with 3'-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ldo
タイトルCrystal structure of E.coli LigT complexed with 3'-AMP
要素RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Enzyme (酵素) / 2H phosphoesterase/ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 2',3'-cyclic 3'-phosphodiesterase / 2'-5'-RNA ligase activity / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
2'-5' RNA ligase superfamily / RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase / LigT like Phosphoesterase / Cyclic Phosphodiesterase; Chain: A, / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic phosphodiesterase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3AM / RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.752 Å
データ登録者Myllykoski, M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural aspects of nucleotide ligand binding by a bacterial 2H phosphoesterase.
著者: Myllykoski, M. / Kursula, P.
履歴
登録2016年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
B: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
C: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
D: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5275
ポリマ－80,1804
非ポリマー3471
水543
1
A: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3922
ポリマ－20,0451
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0451
ポリマ－20,0451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0451
ポリマ－20,0451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0451
ポリマ－20,0451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.410, 88.350, 73.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RNA 2',3'-cyclic phosphodiesterase / RNA 2' / 3'-CPDase


分子量: 20045.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: thpR, ECBD_3472 / プラスミド: pTH 27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A140NFI1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-3AM / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-hydroxy-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] dihydrogen phosphate / 3'-AMP / アデノシン3′-りん酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 18% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.04 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 19216 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 14.11
反射 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.804 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / CC1/2: 0.629 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBid: 5ldi

5ldi


解像度: 2.752→28.746 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.93
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2587 1922 10.01 %Random selection
Rwork0.2117 ---
obs0.2164 19194 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.752→28.746 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5449 0 23 3 5475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.837663
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8562076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032823
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7522-2.8210.38531260.31251183X-RAY DIFFRACTION98
2.821-2.89720.32441410.28671223X-RAY DIFFRACTION100
2.8972-2.98230.35641410.26571250X-RAY DIFFRACTION100
2.9823-3.07850.2961310.25621213X-RAY DIFFRACTION100
3.0785-3.18840.33031380.25831238X-RAY DIFFRACTION100
3.1884-3.31590.27861360.23791244X-RAY DIFFRACTION100
3.3159-3.46650.33061340.23411218X-RAY DIFFRACTION100
3.4665-3.6490.26411370.23471244X-RAY DIFFRACTION100
3.649-3.87710.26021360.20991230X-RAY DIFFRACTION99
3.8771-4.17560.2521350.19531241X-RAY DIFFRACTION99
4.1756-4.59430.20121400.17941239X-RAY DIFFRACTION100
4.5943-5.25560.21681410.16461243X-RAY DIFFRACTION100
5.2556-6.60820.22141430.19981238X-RAY DIFFRACTION100
6.6082-28.74730.21071430.1731268X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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