[日本語] English
万見
- PDB-5l5m: Plexin A4 full extracellular region, domains 1 to 7 modeled, data... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l5m
タイトルPlexin A4 full extracellular region, domains 1 to 7 modeled, data to 8 angstrom, spacegroup P4(3)2(1)2
要素Plexin-A4
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor (受容体) / signaling / axon guidance (軸索誘導)
機能・相同性
機能・相同性情報


glossopharyngeal nerve morphogenesis / chemorepulsion of branchiomotor axon / regulation of negative chemotaxis / vagus nerve morphogenesis / anterior commissure morphogenesis / cranial nerve morphogenesis / trigeminal nerve morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / postganglionic parasympathetic fiber development / facial nerve morphogenesis ...glossopharyngeal nerve morphogenesis / chemorepulsion of branchiomotor axon / regulation of negative chemotaxis / vagus nerve morphogenesis / anterior commissure morphogenesis / cranial nerve morphogenesis / trigeminal nerve morphogenesis / regulation of axon extension involved in axon guidance / postganglionic parasympathetic fiber development / facial nerve morphogenesis / sympathetic neuron axon guidance / CRMPs in Sema3A signaling / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / trigeminal nerve structural organization / facial nerve structural organization / branchiomotor neuron axon guidance / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / maintenance of synapse structure / semaphorin receptor complex / sympathetic nervous system development / semaphorin receptor activity / embryonic heart tube development / negative regulation of cell adhesion / motor neuron axon guidance / positive regulation of axonogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of cell migration / neuron projection morphogenesis / 軸索誘導 / nervous system development / regulation of cell shape / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat ...Plexin, TIG domain 2 / TIG domain found in plexin / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / IPT domain / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 8 Å
データ登録者Janssen, B.J.C. / Kong, Y. / Malinauskas, T. / Vangoor, V.R. / Coles, C.H. / Kaufmann, R. / Ni, T. / Gilbert, R.J.C. / Padilla-Parra, S. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Plexin Activation and Regulation.
著者: Kong, Y. / Janssen, B.J. / Malinauskas, T. / Vangoor, V.R. / Coles, C.H. / Kaufmann, R. / Ni, T. / Gilbert, R.J. / Padilla-Parra, S. / Pasterkamp, R.J. / Jones, E.Y.
履歴
登録2016年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 1.32018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Plexin-A4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,8141
ポリマ－134,8141
非ポリマー00
水0
1
A: Plexin-A4

A: Plexin-A4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,6282
ポリマ－269,6282
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z+1/41
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)271.480, 271.480, 251.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Plexin-A4


分子量: 134813.844 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-1229 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxna4, Kiaa1550 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80UG2

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶溶媒含有率: 92 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.8 M ammonium sulfate, 0.4 M Dimethyl (2-hydroxyethyl) ammonium propane sulfonate (NDSB-211), 100 mM TRIS, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 8→72.126 Å / Num. obs: 10298 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル最高解像度: 8 Å / Rmerge(I) obs: 0.894

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L56

5l56


解像度: 8→72.126 Å / SU ML: 1.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.35 / 位相誤差: 41.71
詳細: THE AUTHORS STATE THAT DUE TO THE LOW RESOLUTION OF THE DIFFRACTION DATA THE STRUCTURE WAS ONLY SUBJECTED TO RIGID BODY REFINEMENT WITH EACH DOMAIN AS RIGID BODY. THE STRUCTURE IS BASED ON A ...詳細: THE AUTHORS STATE THAT DUE TO THE LOW RESOLUTION OF THE DIFFRACTION DATA THE STRUCTURE WAS ONLY SUBJECTED TO RIGID BODY REFINEMENT WITH EACH DOMAIN AS RIGID BODY. THE STRUCTURE IS BASED ON A HOMOLOGY MODEL GENERATED WITH PDB ENTRY 5L56 AS TEMPLATE (53% SEQUENCE IDENTITY). THE AUTHORS HAVE NOT FURTHER REFINED THE RESULTING COORDINATES NOR CORRECTED RESULTING CLASHES BETWEEN ATOMS AND DEVIATING PEPTIDE LINKAGES BETWEEN DOMAINS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 917 4.87 %
Rwork0.3732 --
obs0.3743 10298 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 8→72.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7189 0 0 0 7189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0197362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4739933
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5972747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1321099
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0191292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
8.0004-8.42160.37461390.41762575X-RAY DIFFRACTION100
8.4216-8.94830.49191490.40542537X-RAY DIFFRACTION100
8.9483-9.63770.38181390.38582570X-RAY DIFFRACTION100
9.6377-10.60490.38731390.35972531X-RAY DIFFRACTION100
10.6049-12.13310.34421440.33452572X-RAY DIFFRACTION100
12.1331-15.26260.4245940.35512595X-RAY DIFFRACTION100
15.2626-72.12870.39841130.38952514X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る