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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5l0w | ||||||
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タイトル | Structure of post-translational translocation Sec71/Sec72 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / protein translocation / TPR domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sec62/Sec63 complex / post-translational protein targeting to membrane, translocation / membrane => GO:0016020 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.035 Å | ||||||
データ登録者 | Tripathi, A. / Rapoport, T.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Two alternative binding mechanisms connect the protein translocation Sec71-Sec72 complex with heat shock proteins. 著者: Tripathi, A. / Mandon, E.C. / Gilmore, R. / Rapoport, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5l0w.cif.gz | 82.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5l0w.ent.gz | 66.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5l0w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/5l0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/5l0w | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24074.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SH41 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 21369.971 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 48-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S0B5 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.37 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.4M ammonium tatrate dibasic, 0.1M Tris/HCl pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.035→20.1 Å / Num. obs: 18882 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 3.035→3.13 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.7 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.035→20.1 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.76 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 243.32 Å2 / Biso mean: 90.0117 Å2 / Biso min: 33.31 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.035→20.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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