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- PDB-5ktz: expanded poliovirus in complex with VHH 12B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ktz
タイトルexpanded poliovirus in complex with VHH 12B
要素
  • Genome polyprotein
  • VHH 12B
  • VP1
  • VP2
キーワードVIRUS/immune system / poliovirus (ポリオウイルス) / VHH / nanobody (ナノボディ) / 80S / expanded / single domain antibody (ナノボディ) / VIRUS-immune system complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Poliovirus type 1 (ポリオウイルス)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Strauss, M. / Schotte, L. / Filman, D.J. / Hogle, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI020566 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2017
タイトル: Cryo-electron Microscopy Structures of Expanded Poliovirus with VHHs Sample the Conformational Repertoire of the Expanded State.
著者: Mike Strauss / Lise Schotte / Krishanthi S Karunatilaka / David J Filman / James M Hogle /
要旨: By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs ...By using cryo-electron microscopy, expanded 80S-like poliovirus virions (poliovirions) were visualized in complexes with four 80S-specific camelid VHHs (Nanobodies). In all four complexes, the VHHs bind to a site on the top surface of the capsid protein VP3, which is hidden in the native virus. Interestingly, although the four VHHs bind to the same site, the structures of the expanded virus differ in detail in each complex, suggesting that each of the Nanobodies has sampled a range of low-energy structures available to the expanded virion. By stabilizing unique structures of expanded virions, VHH binding permitted a more detailed view of the virus structure than was previously possible, leading to a better understanding of the expansion process that is a critical step in infection. It is now clear which polypeptide chains become disordered and which become rearranged. The higher resolution of these structures also revealed well-ordered conformations for the EF loop of VP2, the GH loop of VP3, and the N-terminal extensions of VP1 and VP2, which, in retrospect, were present in lower-resolution structures but not recognized. These structural observations help to explain preexisting mutational data and provide insights into several other stages of the poliovirus life cycle, including the mechanism of receptor-triggered virus expansion.
IMPORTANCE: When poliovirus infects a cell, it undergoes a change in its structure in order to pass RNA through its protein coat, but this altered state is short-lived and thus poorly understood. The ...IMPORTANCE: When poliovirus infects a cell, it undergoes a change in its structure in order to pass RNA through its protein coat, but this altered state is short-lived and thus poorly understood. The structures of poliovirus bound to single-domain antibodies presented here capture the altered virus in what appear to be intermediate states. A careful analysis of these structures lets us better understand the molecular mechanism of infection and how these changes in the virus lead to productive-infection events.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references / Other
改定 1.32017年2月8日Group: Database references
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_software / pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52018年7月18日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: em_sample_support / em_software
Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.62019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-8284
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8284
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: VP1
2: VP2
3: Genome polyprotein
7: VHH 12B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8194
ポリマ－93,8194
非ポリマー00
水0
1
1: VP1
2: VP2
3: Genome polyprotein
7: VHH 12B
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,629,131240
ポリマ－5,629,131240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
1: VP1
2: VP2
3: Genome polyprotein
7: VHH 12B
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 469 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,09420
ポリマ－469,09420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
1: VP1
2: VP2
3: Genome polyprotein
7: VHH 12B
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 563 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,91324
ポリマ－562,91324
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
117
21S
121
22A
32D
42E
52F
62V
72W
82X
132
23B
33G
43J
53L
63N
143
24C
34H
44I
54K
64M
74T
84U

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
111171 - 123
2111S1 - 123
1121157 - 213
2121A57 - 213
3121D57 - 213
4121E57 - 213
5121F57 - 213
6121V57 - 213
7121W57 - 213
8121X57 - 213
12211232 - 279
2221A232 - 279
3221D232 - 279
4221E232 - 279
5221F232 - 279
6221V232 - 279
7221W232 - 279
8221X232 - 279
113121 - 43
2131B1 - 43
3131G1 - 43
4131J1 - 43
5131L1 - 43
6131N1 - 43
1231253 - 159
2231B53 - 159
3231G53 - 159
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5231L53 - 159
6231N53 - 159
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3331G174 - 269
4331J174 - 269
5331L174 - 269
6331N174 - 269
14312943 - 952
2431B943 - 952
3431G943 - 952
4431J943 - 952
5431L943 - 952
6431N943 - 952
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5141K1 - 231
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8141U1 - 231

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.309383, 0.806618, -0.503636), (-0.810614, 0.500606, 0.303806), (0.497179, 0.314262, 0.808735)0.60251, 0.67415, -0.16108
3given(1), (1), (1)
4given(0.309633, 0.809055, -0.499556), (-0.808732, 0.500387, 0.309136), (0.50008, 0.308289, 0.809246)-0.07349, -0.05591, 0.04824
5given(-0.808898, 0.500432, -0.308628), (-0.499861, -0.308972, 0.80912), (0.309552, 0.808767, 0.500074)-0.09097, -0.01715, 0.00945
6given(-0.808854, -0.500213, 0.309099), (0.500147, -0.308843, 0.808993), (-0.309206, 0.808952, 0.499989)-0.00753, -0.00537, -0.01033
7given(0.309026, -0.80894, 0.500119), (0.808946, 0.500095, 0.30905), (-0.50011, 0.309065, 0.808931)-0.0226, 0.00745, 0.00571
8given(-0.999996, -0.001271, 0.002391), (0.001273, -0.999999, 0.000965), (0.00239, 0.000968, 0.999997)-0.38, -0.0924, 0.1067
9given(-0.30867, 0.809045, 0.500168), (-0.808903, -0.499921, 0.309445), (0.500399, -0.309071, 0.80875)-0.0105, -0.06353, 0.02033
10given(-0.307632, -0.80864, 0.501462), (0.810007, -0.499088, -0.307896), (0.499251, 0.311468, 0.808539)-0.29917, -0.20373, 0.1446
11given(1), (1), (1)
12given(0.310089, 0.808814, -0.499664), (-0.808598, 0.500793, 0.30883), (0.500014, 0.308263, 0.809296)-0.07558, -0.07294, 0.0409
13given(0.308584, -0.808721, 0.500746), (0.808779, 0.500165, 0.309374), (-0.500653, 0.309525, 0.808419)-0.12084, -0.04286, 0.04697
14given(-0.308646, 0.808782, 0.500609), (-0.809032, -0.499994, 0.308988), (0.500205, -0.309641, 0.808652)-0.07605, 0.00133, 0.0106
15given(-0.308361, -0.809131, 0.50022), (0.809184, -0.499576, -0.309266), (0.500135, 0.309404, 0.808786)-0.08581, 0.00444, 0.01555
16given(-0.49922, 0.308357, 0.80975), (0.309586, -0.80937, 0.499075), (0.809281, 0.499836, 0.308591)-0.09133, 0.05103, 0.00698
17given(1), (1), (1)
18given(0.309254, 0.809098, -0.499723), (-0.808846, 0.500146, 0.309228), (0.50013, 0.308569, 0.809108)-0.06699, -0.03854, 0.02336
19given(0.308991, -0.809179, 0.499753), (0.809236, 0.499754, 0.30884), (-0.499661, 0.30899, 0.809237)0.04022, 0.04944, -0.01805
20given(-1, 0.000245, -0.00026), (-0.000245, -1, 0.000569), (-0.00026, 0.000569, 1)0.03945, -0.09063, -0.00023
21given(-0.308469, 0.808917, 0.5005), (-0.809294, -0.499681, 0.308808), (0.49989, -0.309794, 0.808788)-0.07647, 0.04833, 0.00654
22given(-0.308233, -0.808746, 0.500921), (0.809115, -0.499807, -0.309074), (0.500326, 0.310036, 0.808425)-0.17509, -0.01513, 0.04045
23given(-0.808641, 0.499839, -0.310261), (-0.501011, -0.308667, 0.808525), (0.308364, 0.80925, 0.500026)0.11718, 0.02426, -0.01569
24given(-0.809196, -0.499984, 0.308575), (0.499657, -0.309302, 0.80912), (-0.309104, 0.808918, 0.500106)0.03431, 0.03012, -0.01432

-
要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 25291.594 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 636-858 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
株: Mahoney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03300
#2: タンパク質 VP2


分子量: 29677.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 70-338 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
株: Mahoney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03300
#3: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 25777.613 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 342-572 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Poliovirus type 1 (ポリオウイルス)
株: Mahoney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03300
#4: 抗体 VHH 12B


分子量: 13072.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: expanded poliovirus in complex with VHH 12B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Poliovirus type 1 (strain Mahoney) (ポリオウイルス)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0151 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1e2boxer.py粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND3CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8Cootその他
9RELION1.3初期オイラー角割当
10FREALIGN9最終オイラー角割当
11Relion 1.3分類
12GeFrealign３次元再構成
13REFMAC 5.8.01245モデル精密化
14FREALIGN9.09３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17627 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
詳細: Fitting protocol: rigid body restraint of structurally conserved areas, and stereochemically restrained, icosahedrally restrained flexible fitting of areas that would otherwise disagree with ...詳細: Fitting protocol: rigid body restraint of structurally conserved areas, and stereochemically restrained, icosahedrally restrained flexible fitting of areas that would otherwise disagree with the map. Refinement space: reciprocal, using both Fourier amplitudes and phases.
精密化解像度: 4.3→98.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.733 / SU B: 38.562 / SU ML: 0.589 / ESU R: 1.228
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射
Rwork0.47088 --
obs0.47088 235686 99.99 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 24.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å2-0.82 Å2-0.07 Å2
2---0.01 Å2-0.43 Å2
3----0.05 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.010.01942314
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.0471.94657698
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg0.27355220
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg5.02523.4621814
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg2.148156554
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg1.38815242
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1510.26456
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0010.02132266
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 4.3→4.532 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rwork0.539 34480 -
Rfree-0 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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