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- PDB-5k7t: MicroED structure of thermolysin at 2.5 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k7t
タイトルMicroED structure of thermolysin at 2.5 A resolution
要素Thermolysinテルモリシン
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


テルモリシン / metalloendopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / テルモリシン
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者de la Cruz, M.J. / Hattne, J. / Shi, D. / Seidler, P. / Rodriguez, J. / Reyes, F.E. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / Gonen, T.
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017
タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED.
著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen /
要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography.
履歴
登録2016年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.32018年8月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7248
ポリマ－34,3601
非ポリマー3647
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area12440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.065, 92.065, 128.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / テルモリシン / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, テルモリシン

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非ポリマー , 5種, 28分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Thermolysinテルモリシン / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.034634 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
145 %dimethyl sulfoxideジメチルスルホキシド1
250 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
32.5 Mcesium chlorideCsCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 0.004 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
Num. of diffraction images: 721 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 721
画像スキャンサンプリングサイズ: 0.0311999992 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 1750 mm
EM回折 シェル解像度: 2.5→2.75 Å / フーリエ空間範囲: 96.8 % / 多重度: 12.2 / 構造因子数: 2741 / 位相残差: 47.2 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 58.5 % / 再高解像度: 1.6 Å / 測定した強度の数: 224846 / 構造因子数: 25029 / 位相誤差: 26.44 ° / 位相残差: 44.76 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.634 / Rsym: 0.634
反射解像度: 1.6→30.14 Å / Num. all: 224846 / Num. obs: 25029 / % possible obs: 58.5 % / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Rpim(I) all: 0.219 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allNum. unique obsRpim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.6-1.631.80.7943141730.61618
8.63-30.149.60.20631183260.0718.295.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.10_2155: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EM-Menu4.0.9.75画像取得
5iMosflm/MOSFLM7.2.1diffraction indexing
6MOLREP11.4.05モデルフィッティング
8PHENIX1.10_2155モデル精密化
9MOLREP11.4.05分子置換Starting model PDB ID 2tli
11POINTLESS1.10.21対称性決定
12AIMLESS0.5.25crystallography merging
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 120 ° / A: 90.75 Å / B: 90.75 Å / C: 126.13 Å / 空間群名: P6122 / 空間群番号: 178
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 2TLI

2tli


PDB chain-ID: A / Accession code: 2TLI / Pdb chain residue range: 1-316 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.5→30.135 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3096 589 5.2 %
Rwork0.2899 --
obs0.291 11327 96.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0032497
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.5093399
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d11.821418
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.042361
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.003448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5004-2.75190.36641680.34782573ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY97
2.7519-3.14970.31321360.32692646ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY97
3.1497-3.96690.32491370.26812680ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY97
3.9669-30.13760.23361480.22722839ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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