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- PDB-5jsf: Crystal structure of 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 S205 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jsf
タイトルCrystal structure of 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 S205 variant in complex with NAD.
要素17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / cofactor complex / hydroxysteroid dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


Estrogen biosynthesis / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / steroid catabolic process / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / TRIETHYLENE GLYCOL / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.842 Å
データ登録者Bertoletti, N. / Marchais-Oberwinkler, S. / Heine, A. / Klebe, G.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationMA-5287/1-1 ドイツ
German Research FoundationKL-1204/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: New Insights into Human 17 beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 14: First Crystal Structures in Complex with a Steroidal Ligand and with a Potent Nonsteroidal Inhibitor.
著者: Bertoletti, N. / Braun, F. / Lepage, M. / Moller, G. / Adamski, J. / Heine, A. / Klebe, G. / Marchais-Oberwinkler, S.
履歴
登録2016年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5415
ポリマ－28,6691
非ポリマー8724
水1,54986
1
A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子

A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子

A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子

A: 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,16320
ポリマ－114,6754
非ポリマー3,48816
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area25200 Å2
ΔGint-264 kcal/mol
Surface area34080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.256, 130.256, 130.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 14 / 17-beta-HSD 14 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase DHRS10 / Dehydrogenase/reductase SDR family ...17-beta-HSD 14 / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase DHRS10 / Dehydrogenase/reductase SDR family member 10 / Retinal short-chain dehydrogenase/reductase retSDR3 / Short chain dehydrogenase/reductase family 47C member 1


分子量: 28668.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSD17B14, DHRS10, SDR3, SDR47C1, UNQ502/PRO474 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: Q9BPX1, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる

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非ポリマー , 5種, 90分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES 0.1 M pH 7.00, sodium formate 3.3 M / PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 31827 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.66 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 21.35
反射 シェル解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 6.82 % / Rmerge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EN4

5en4


解像度: 1.842→46.052 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1866 1592 5 %
Rwork0.1647 --
obs0.1658 31827 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.842→46.052 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1942 0 56 86 2084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8172785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7341234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8421-1.90160.2661430.2372707X-RAY DIFFRACTION99
1.9016-1.96950.23351440.2072746X-RAY DIFFRACTION100
1.9695-2.04840.25161440.19382722X-RAY DIFFRACTION100
2.0484-2.14160.20141430.18152728X-RAY DIFFRACTION100
2.1416-2.25450.20861430.17342714X-RAY DIFFRACTION100
2.2545-2.39580.2061440.1692734X-RAY DIFFRACTION100
2.3958-2.58070.19851440.16512746X-RAY DIFFRACTION100
2.5807-2.84040.19611450.16542754X-RAY DIFFRACTION100
2.8404-3.25130.17971450.1662751X-RAY DIFFRACTION100
3.2513-4.09590.15821460.15672779X-RAY DIFFRACTION100
4.0959-46.06680.1811510.15472854X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.07860.063-0.23120.0284-0.08821.1981-0.19830.25710.07810.0512-0.14560.32230.1876-0.4874-0.22680.246-0.0019-0.10350.3981-0.17160.7351-26.4623-1.482850.9989
20.5172-0.29170.29610.4679-0.41510.4240.13930.28170.1369-0.1626-0.430.81350.3214-0.7126-0.2330.3614-0.096-0.09220.5359-0.32620.8118-26.6501-6.454440.3665
30.1660.0531-0.10820.4667-0.54740.8302-0.1880.23790.1151-0.2853-0.09730.21870.0579-0.3265-0.29890.35770.0273-0.17250.4058-0.08690.7277-20.62383.522641.0381
40.52010.47050.05880.2838-0.120.377-0.19410.13360.0034-0.1801-0.04870.17720.0357-0.0596-0.05770.26110.0045-0.04470.2403-0.04410.5704-7.40330.438748.5097
50.0237-0.01240.17550.0039-0.0350.3268-0.0144-0.0479-0.0083-0.0481-0.17760.19450.4794-0.0738-0.00510.3626-0.03420.11090.2301-0.07840.608-11.3417-21.377355.541
60.54120.098-0.15860.18080.06440.5333-0.10570.01980.00770.0254-0.16120.20610.0132-0.1603-0.34190.1925-0.0078-0.00450.2773-0.10390.6505-14.125-2.421462.6127
70.0242-0.039-0.0110.03230.0178-0.03230.30060.6099-0.4520.2508-0.2338-0.48770.69170.54270.00110.54150.08370.07480.4379-00.720312.8044-23.963264.5969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 63 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 93 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 94 through 185 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 186 through 220 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 221 through 254 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 255 through 271 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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