+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jl7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HUMAN PLACENTAL AROMATASE CYTOCHROME P450 (CYP19A1): ANDROSTENEDIONE COMPLEX #3 | ||||||
要素 | Aromataseアロマターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Aromatase (アロマターゼ) / cytochrome P450 (シトクロムP450) / human placenta (胎盤) / estrogen synthase / androstenedione (アンドロステンジオン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アロマターゼ / Defective CYP19A1 causes AEXS / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / female genitalia development / syncytium formation / estrogen biosynthetic process / negative regulation of chronic inflammatory response / Estrogen biosynthesis / testosterone biosynthetic process ...アロマターゼ / Defective CYP19A1 causes AEXS / positive regulation of estradiol secretion / androgen catabolic process / female genitalia development / syncytium formation / estrogen biosynthetic process / negative regulation of chronic inflammatory response / Estrogen biosynthesis / testosterone biosynthetic process / sterol metabolic process / prostate gland growth / negative regulation of macrophage chemotaxis / mammary gland development / steroid biosynthetic process / steroid hydroxylase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / aromatase activity / female gonad development / uterus development / Endogenous sterols / oxygen binding / response to estradiol / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ghosh, D. / Lo, J. / Egbuta, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J. Steroid Biochem. Mol. Biol. / 年: 2018 タイトル: Testosterone complex and non-steroidal ligands of human aromatase. 著者: Ghosh, D. / Egbuta, C. / Lo, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jl7.cif.gz | 108.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5jl7.ent.gz | 81.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jl7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jl7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57954.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11511, アロマターゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-ASD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.81 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 20-30% PEG 4000, PHOSPHATE BUFFER, PH 7.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→37.7 Å / Num. obs: 23178 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 24.2 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3S79 解像度: 3.1→37.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 12.307 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.265 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 96.88 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.1→37.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|