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- PDB-5j8k: Architecture of supercomplex I-III2 -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8k
タイトルArchitecture of supercomplex I-III2
要素
  • (COMPLEX I B14. ...) x 2
  • (COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT ...) x 14
  • (COMPLEX III SUBUNIT ...ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ) x 7
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ...) x 2
  • COMPLEX I 13KDA/NDUFS6
  • COMPLEX I 15KDA/NDUFS5
  • COMPLEX I 18KDA/NDUFS6
  • COMPLEX I 24KDA/NDUFV2
  • COMPLEX I 30KDA/NDUFS3
  • COMPLEX I 39KDA/NDUFA9
  • COMPLEX I 42KDA/NDUFA10
  • COMPLEX I 49KDA/NDUFS2
  • COMPLEX I 51KDA/NDUFV1
  • COMPLEX I 75KDA/NDUFS1
  • COMPLEX I B13/NDUFA5
  • COMPLEX I B14/NDUFA6
  • COMPLEX I B15/NDUFB4
  • COMPLEX I B16.6/NDUFA13
  • COMPLEX I B17.2/NDUFA12
  • COMPLEX I B18/NDUFB7
  • COMPLEX I B22/NDUFB9
  • COMPLEX I B8/NDUFA2
  • COMPLEX I B9/NDUFA3
  • COMPLEX I ESSS/NDUFB11
  • COMPLEX I KFYI/NDUFC1
  • COMPLEX I MWFE/NDUFA1
  • COMPLEX I ND1
  • COMPLEX I ND2
  • COMPLEX I ND3
  • COMPLEX I ND4
  • COMPLEX I ND4L
  • COMPLEX I ND5
  • COMPLEX I ND6
  • COMPLEX I PDSW/NDUFB10
  • COMPLEX I PGIV/NDUFA8
  • COMPLEX I PSST/NDUFS7
  • COMPLEX I SDAP/NDUFAB1
  • COMPLEX I TYKY/NDUFS8
  • Cytochrome b-c1 complex subunit 6
  • Cytochrome bシトクロムb
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / membrane protein complex (生体膜) / supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity ...respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex III / mitochondrial respiratory chain complex IV / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / タンパク質分解 / 核質 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / シトクロムb / : / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 鉄・硫黄クラスター / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 鉄・硫黄クラスター / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / シトクロムb / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Letts, J.A. / Fiedorczuk, K. / Sazanov, L.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105674180 英国
引用ジャーナル: Nature / : 2016
タイトル: The architecture of respiratory supercomplexes.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Leonid A Sazanov /
要旨: Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) ...Mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes responsible for carrying out cellular respiration. Here we present three architectures of mammalian (ovine) supercomplexes determined by cryo-electron microscopy. We identify two distinct arrangements of supercomplex CICIIICIV (the respirasome)-a major 'tight' form and a minor 'loose' form (resolved at the resolution of 5.8 Å and 6.7 Å, respectively), which may represent different stages in supercomplex assembly or disassembly. We have also determined an architecture of supercomplex CICIII at 7.8 Å resolution. All observed density can be attributed to the known 80 subunits of the individual complexes, including 132 transmembrane helices. The individual complexes form tight interactions that vary between the architectures, with complex IV subunit COX7a switching contact from complex III to complex I. The arrangement of active sites within the supercomplex may help control reactive oxygen species production. To our knowledge, these are the first complete architectures of the dominant, physiologically relevant state of the electron transport chain.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: em_sample_support / em_software / entity
Item: _em_sample_support.grid_type / _em_software.name / _entity.pdbx_description
改定 1.32019年12月11日Group: Advisory / Other
カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-8129
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEX I ND3
B: COMPLEX I PSST/NDUFS7
C: COMPLEX I 30KDA/NDUFS3
D: COMPLEX I 49KDA/NDUFS2
E: COMPLEX I 24KDA/NDUFV2
F: COMPLEX I 51KDA/NDUFV1
G: COMPLEX I 75KDA/NDUFS1
H: COMPLEX I ND1
I: COMPLEX I TYKY/NDUFS8
J: COMPLEX I ND6
K: COMPLEX I ND4L
L: COMPLEX I ND5
M: COMPLEX I ND4
N: COMPLEX I ND2
O: COMPLEX I 18KDA/NDUFS6
P: COMPLEX I 13KDA/NDUFS6
Q: COMPLEX I 15KDA/NDUFS5
R: COMPLEX I MWFE/NDUFA1
S: COMPLEX I B8/NDUFA2
T: COMPLEX I B9/NDUFA3
U: COMPLEX I B13/NDUFA5
V: COMPLEX I B14/NDUFA6
W: COMPLEX I PGIV/NDUFA8
X: COMPLEX I 39KDA/NDUFA9
Y: COMPLEX I 42KDA/NDUFA10
Z: COMPLEX I B14.7/NDUFA11
a: COMPLEX I B17.2/NDUFA12
b: COMPLEX I B16.6/NDUFA13
c: COMPLEX I SDAP/NDUFAB1
d: COMPLEX I B8/NDUFA2
e: COMPLEX I B15/NDUFB4
f: COMPLEX I B18/NDUFB7
g: COMPLEX I B22/NDUFB9
h: COMPLEX I PDSW/NDUFB10
i: COMPLEX I ESSS/NDUFB11
j: COMPLEX I KFYI/NDUFC1
k: COMPLEX I B14.5B/NDUFC2
0: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 1
1: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 2
2: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 3
3: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 4
4: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 4
5: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 5
6: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 6
7: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 7
8: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 8
9: COMPLEX I PDSW/NDUFB10
z: COMPLEX I PDSW/NDUFB10
y: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 11
x: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 12
w: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 13
v: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 14
u: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 15
t: COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 16
AA: COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE 1
AB: COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE 2
AC: Cytochrome b
AD: COMPLEX III SUBUNIT 4 / CYTOCHROME C1
AE: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AF: COMPLEX III SUBUNIT 7 / 14KDA
AG: COMPLEX III SUBUNIT 8 / QP-C
AH: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
AI: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AJ: COMPLEX III SUBUNIT 9 / 7.2KDA
AK: COMPLEX III SUBUNIT 10 / 6.4KDA
AL: COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE 1
AM: COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE 2
AN: Cytochrome b
AO: COMPLEX III SUBUNIT 4 / CYTOCHROME C1
AP: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AQ: COMPLEX III SUBUNIT 7 / 14KDA
AR: COMPLEX III SUBUNIT 8 / QP-C
AS: Cytochrome b-c1 complex subunit 6
AT: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
AU: COMPLEX III SUBUNIT 9 / 7.2KDA
AV: COMPLEX III SUBUNIT 10 / 6.4KDA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,080,95292
ポリマ-1,074,44076
非ポリマー6,51216
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1

-
要素

+
タンパク質 , 34種, 39分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQSdTUVWXYabcef...

#1: タンパク質 COMPLEX I ND3


分子量: 8698.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#2: タンパク質 COMPLEX I PSST/NDUFS7


分子量: 13196.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#3: タンパク質 COMPLEX I 30KDA/NDUFS3


分子量: 16528.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#4: タンパク質 COMPLEX I 49KDA/NDUFS2


分子量: 32698.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#5: タンパク質 COMPLEX I 24KDA/NDUFV2


分子量: 16174.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#6: タンパク質 COMPLEX I 51KDA/NDUFV1


分子量: 36600.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#7: タンパク質 COMPLEX I 75KDA/NDUFS1


分子量: 55757.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#8: タンパク質 COMPLEX I ND1


分子量: 25294.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#9: タンパク質 COMPLEX I TYKY/NDUFS8


分子量: 14715.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#10: タンパク質 COMPLEX I ND6


分子量: 14570.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#11: タンパク質 COMPLEX I ND4L


分子量: 7932.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#12: タンパク質 COMPLEX I ND5


分子量: 48953.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#13: タンパク質 COMPLEX I ND4


分子量: 38740.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#14: タンパク質 COMPLEX I ND2


分子量: 29379.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#15: タンパク質 COMPLEX I 18KDA/NDUFS6


分子量: 8868.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#16: タンパク質 COMPLEX I 13KDA/NDUFS6


分子量: 7251.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#17: タンパク質 COMPLEX I 15KDA/NDUFS5


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#19: タンパク質 COMPLEX I B8/NDUFA2


分子量: 6826.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#20: タンパク質 COMPLEX I B9/NDUFA3


分子量: 4528.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#21: タンパク質 COMPLEX I B13/NDUFA5


分子量: 8188.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#22: タンパク質 COMPLEX I B14/NDUFA6


分子量: 9549.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#23: タンパク質 COMPLEX I PGIV/NDUFA8


分子量: 8783.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#24: タンパク質 COMPLEX I 39KDA/NDUFA9


分子量: 26315.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#25: タンパク質 COMPLEX I 42KDA/NDUFA10


分子量: 27421.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#27: タンパク質 COMPLEX I B17.2/NDUFA12


分子量: 9464.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#28: タンパク質 COMPLEX I B16.6/NDUFA13


分子量: 7847.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#29: タンパク質 COMPLEX I SDAP/NDUFAB1


分子量: 6741.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#30: タンパク質 COMPLEX I B15/NDUFB4


分子量: 4698.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#31: タンパク質 COMPLEX I B18/NDUFB7


分子量: 5039.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#32: タンパク質 COMPLEX I B22/NDUFB9


分子量: 11081.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#33: タンパク質 COMPLEX I PDSW/NDUFB10


分子量: 5379.623 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#34: タンパク質 COMPLEX I ESSS/NDUFB11


分子量: 5975.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#53: タンパク質 Cytochrome b / シトクロムb / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol- ...Complex III subunit 3 / Complex III subunit III / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit


分子量: 42684.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: P24959
#58: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Complex III subunit 6 / Mitochondrial hinge protein


分子量: 7920.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: B9VH04

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 Rj

#18: タンパク質・ペプチド COMPLEX I MWFE/NDUFA1


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#35: タンパク質・ペプチド COMPLEX I KFYI/NDUFC1


分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア

-
COMPLEX I B14. ... , 2種, 2分子 Zk

#26: タンパク質 COMPLEX I B14.7/NDUFA11


分子量: 10145.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#36: タンパク質 COMPLEX I B14.5B/NDUFC2


分子量: 7081.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア

-
COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT ... , 14種, 15分子 012345678yxwvut

#37: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 1


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#38: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 2


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#39: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 3


分子量: 3252.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#40: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 4


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#41: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 5


分子量: 2911.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#42: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 6


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#43: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 7


分子量: 3337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#44: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 8


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#45: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 11


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#46: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 12


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#47: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 13


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#48: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 14


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#49: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 15


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア
#50: タンパク質・ペプチド COMPLEX I UNKNOWN SUBUNIT FRAGMENT 16


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア

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COMPLEX III SUBUNIT ... , 7種, 14分子 AAALABAMADAOAFAQAGARAJAUAKAV

#51: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 1 / CORE 1 / ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ


分子量: 49385.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5Q5G6
#52: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 2 / CORE 2 / ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ


分子量: 45189.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5Q0F9
#54: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 4 / CYTOCHROME C1 / ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5Q0A9
#56: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 7 / 14KDA / ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ


分子量: 12949.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5P642
#57: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 8 / QP-C / ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ


分子量: 8884.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5PUP9
#60: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 9 / 7.2KDA / ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ


分子量: 6937.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5P6B2
#61: タンパク質 COMPLEX III SUBUNIT 10 / 6.4KDA / ユビキノール-シトクロムcレダクターゼ


分子量: 5932.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5PSD1

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Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ... , 2種, 4分子 AEAPAIAT

#55: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 21654.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase
#59: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 5824.802 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: HEART心臓 / Organelle: MITOCHONDRIAミトコンドリア / 参照: UniProt: W5P2X9, quinol-cytochrome-c reductase

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非ポリマー , 3種, 16分子

#62: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Fe4S4
#63: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Fe2S2
#64: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Supercomplex I-III2 / タイプ: COMPLEX
詳細: Supercomplex formed by respiratory complexes I and III
Entity ID: #1-#62 / 由来: NATURAL
分子量: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / Organelle: mitochondria
緩衝液pH: 7.7
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
1100 mMNaCl塩化ナトリウム1
220 mMHEPES1
30.1 %Digitoninジギトニン1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Single particles dispersed in digitonin
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blotted 32 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 47000 X / 倍率(補正後): 81395 X / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 34 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 1608
詳細: Images were collected in movie mode with 17 frames per second
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / : 4096 / : 4096 / 動画フレーム数/画像: 69 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.43次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 67650
3次元再構成解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9844 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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