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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hjq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the TBC domain of Skywalker/TBC1D24 from Drosophila melanogaster in complex with inositol(1,4,5)triphosphate | ||||||
要素 | LD10117p | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / TBC / RabGAP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 synaptic vesicle endosomal processing / negative regulation of synaptic vesicle recycling / synaptic vesicle recycling via endosome / vesicle-mediated transport in synapse / neuromuscular synaptic transmission / negative regulation of neurotransmitter secretion / regulation of GTPase activity / GTPase activator activity / neuromuscular junction / terminal bouton ...synaptic vesicle endosomal processing / negative regulation of synaptic vesicle recycling / synaptic vesicle recycling via endosome / vesicle-mediated transport in synapse / neuromuscular synaptic transmission / negative regulation of neurotransmitter secretion / regulation of GTPase activity / GTPase activator activity / neuromuscular junction / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / neuron projection development / chemical synaptic transmission / postsynapse / endosome membrane / lipid binding / シナプス / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Fischer, B. / Paesmans, J. / Versees, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016 タイトル: Skywalker-TBC1D24 has a lipid-binding pocket mutated in epilepsy and required for synaptic function. 著者: Fischer, B. / Luthy, K. / Paesmans, J. / De Koninck, C. / Maes, I. / Swerts, J. / Kuenen, S. / Uytterhoeven, V. / Verstreken, P. / Versees, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hjq.cif.gz | 74.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hjq.ent.gz | 53.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hjq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/5hjq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43096.793 Da / 分子数: 1 / 断片: TBC domain, residues 1-353 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Contains a N-terminal His-Tag 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: sky, CG9339, Dmel_CG9339 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9VIH7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-I3P / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 1500, sucinate/phosphate/glycine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→39.23 Å / Num. obs: 17353 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 18.18 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.802 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5HJN 解像度: 2.3→39.23 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.42
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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