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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5hex | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Hexokinase 2 with cmpd 30, a 2-amino-6-benzenesulfonamide glucosamine | |||||||||
要素 | Hexokinase-2ヘキソキナーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / inhibitor complex (酵素阻害剤) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / regulation of glucose import / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity ...negative regulation of mitochondrial membrane permeability / hexokinase activity / maintenance of protein location in mitochondrion / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / regulation of glucose import / establishment of protein localization to mitochondrion / ヘキソキナーゼ / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / glucose binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / 解糖系 / apoptotic mitochondrial changes / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / 授乳 / cellular response to leukemia inhibitory factor / 筋小胞体 / response to ischemia / glycolytic process / glucose metabolic process / positive regulation of angiogenesis / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / ミトコンドリア / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.734 Å | |||||||||
データ登録者 | Campobasso, N. / Zhao, B. / Smallwood, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016 タイトル: Discovery of a Novel 2,6-Disubstituted Glucosamine Series of Potent and Selective Hexokinase 2 Inhibitors. 著者: Lin, H. / Zeng, J. / Xie, R. / Schulz, M.J. / Tedesco, R. / Qu, J. / Erhard, K.F. / Mack, J.F. / Raha, K. / Rendina, A.R. / Szewczuk, L.M. / Kratz, P.M. / Jurewicz, A.J. / Cecconie, T. / ...著者: Lin, H. / Zeng, J. / Xie, R. / Schulz, M.J. / Tedesco, R. / Qu, J. / Erhard, K.F. / Mack, J.F. / Raha, K. / Rendina, A.R. / Szewczuk, L.M. / Kratz, P.M. / Jurewicz, A.J. / Cecconie, T. / Martens, S. / McDevitt, P.J. / Martin, J.D. / Chen, S.B. / Jiang, Y. / Nickels, L. / Schwartz, B.J. / Smallwood, A. / Zhao, B. / Campobasso, N. / Qian, Y. / Briand, J. / Rominger, C.M. / Oleykowski, C. / Hardwicke, M.A. / Luengo, J.I. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5hex.cif.gz | 353 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5hex.ent.gz | 281.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5hex.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/he/5hex | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 103102.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HK2 / プラスミド: pET28LIC.H6.TEV.huHK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52789, ヘキソキナーゼ #2: 糖 | ChemComp-604 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: protein conditions: 10mgs/mL, 50mM TRIS HCL, pH 7.5, 250mM NaCl, 2mM DTT, 2mM MgCl2. and 1mM cmpd30 Reservoir: 0.1M Na Citrate pH=5, 14% PEG 3350, 10 % ethylene glycol Cryo protectant 20% ...詳細: protein conditions: 10mgs/mL, 50mM TRIS HCL, pH 7.5, 250mM NaCl, 2mM DTT, 2mM MgCl2. and 1mM cmpd30 Reservoir: 0.1M Na Citrate pH=5, 14% PEG 3350, 10 % ethylene glycol Cryo protectant 20% ethylene glycol in mother liquor PH範囲: 5 - 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.73→114.12 Å / Num. obs: 59924 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.73→3 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.734→114.12 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.734→114.12 Å
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拘束条件 |
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