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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gs2 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of diabody complex with repebody and MBP | |||||||||
要素 |
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キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / diabody (単鎖可変領域フラグメント) / antibody fragment / complex / SUGAR BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / ペリプラズム / DNA damage response / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.592 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, J.H. / Song, D.H. / Youn, S.J. / Kim, J.W. / Cho, G. / Lee, H. / Lee, J.O. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Crystal structure of mono- and bi-specific diabodies and reduction of their structural flexibility by introduction of disulfide bridges at the Fv interface. 著者: Kim, J.H. / Song, D.H. / Youn, S.J. / Kim, J.W. / Cho, G. / Kim, S.C. / Lee, H. / Jin, M.S. / Lee, J.O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gs2.cif.gz | 224.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gs2.ent.gz | 178.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gs2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/5gs2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/5gs2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5gruC 5grvC 5grwC 5grxC 5gryC 5grzC 5gs0C 5gs1C 5gs3C 3pgfS 3rfjS 4j8rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40366.621 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 27-393 / 変異: R367N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9 |
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#2: 抗体 | 分子量: 25138.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 抗体 | 分子量: 25901.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: タンパク質 | 分子量: 30398.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.88 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.2, 2 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 22895 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.2 % / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.73 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3PGF, 3RFJ, 4J8R 解像度: 3.592→44.107 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.592→44.107 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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