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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gk4 | ||||||
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タイトル | Native structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 2.0 Angstrom resolution | ||||||
要素 | Fructose-bisphosphate aldolase class 2 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / Aldolase EC 4.1.2.13 Fructose 1 / 6-bisphosphate Glycolysis Anabolic pathways Catabolic pathways | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / 糖新生 / glycolytic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Tran, T.H. / Huynh, K.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Apo structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 2.0 Angstrom resolution 著者: Tran, T.H. / Huynh, K.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gk4.cif.gz | 149.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gk4.ent.gz | 116.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gk4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/5gk4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1dosS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39191.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: fbaA, fba, fda, b2925, JW2892 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AB71, fructose-bisphosphate aldolase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.19 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M ammonium acetate, 5% fructose 1,6-bisphosphatase, 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000 PH範囲: 5.6-7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月28日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 50406 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 33.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 12.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DOS 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.972 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.161 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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