PDB-5fj3: Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fj3

タイトル

Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 7-((4-CHLORO-3-((METHYLAMINO)METHYL) PHENOXY)METHYL)QUINOLIN-2-AMINE in the absence of acetate

要素

NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL

一酸化窒素合成酵素

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) /

INHIBITOR COMPLEX (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) /

nitric-oxide synthase activity / nitric oxide mediated signal transduction / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Li, H. / Poulos, T.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Phenyl Ether- and Aniline-Containing 2-Aminoquinolines as Potent and Selective Inhibitors of Neuronal Nitric Oxide Synthase.
著者: Cinelli, M.A. / Li, H. / Pensa, A.V. / Kang, S. / Roman, L.J. / Martasek, P. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B.

履歴

登録	2015年10月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月25日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fj3.cif.gz	338.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fj3.ent.gz	287.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fj3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/5fj3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ad4C 5ad5C 5ad6C 5ad7C 5ad8C 5ad9C 5adaC 5adbC 5adcC 5addC 5adeC 5adfC 5adgC 5adiC 5adjC 5adkC 5adlC 5admC 5adnC 5fj2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p6l-d 4ups-d 4k5g-d 3n6g-d 4k5e-d 1d0c-d 3rqn-d 1ed4-d 5add-d 4kcs-d 6av2-d 6aux-d 4cwy-d 3n5r-d 3nlv-d 5agn-d 8nse-d 5fvy-d 5fw0-d 4v3v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (22) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (10) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL

B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.670, 106.360, 156.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL / 一酸化窒素合成酵素 / CONSTITUTIVE NOS / CNOS / EC-NOS / ENDOTHELIAL NOS / ENOS / NOS TYPE III / NOSIII 分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

#1: タンパク質

NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL /

一酸化窒素合成酵素 / CONSTITUTIVE NOS / CNOS / EC-NOS / ENDOTHELIAL NOS / ENOS / NOS TYPE III / NOSIII

分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 7種, 247分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / テトラヒドロビオプテリン分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₅O₃ / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物	ChemComp-XEB / 7-[[4-chloranyl-3-(methylaminomethyl)phenoxy]methyl]quinolin-2-amine 分子量: 327.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈ClN₃O
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	RESIDUE 100 IS FOUND AS AN ARG IN STRUCTURE BUT IS A CYS IN DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 % 解説: OVERALL RMERGE 0.086 RPIM 0.064 CC ONE HALF 0.998 HIGHEST RESOLUTION SHELL RMERGE 1.993 RPIM 1.499 CC ONE HALF 0.295
結晶化	pH: 6 詳細: 20-22% PEG3350 0.1M CACODYLATE, 140-200 MM MG ACETATE 5 MM TCEP, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49537 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 48.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 1.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→62.962 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.96 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 110 TO 120 IN CHAIN A AND 111 TO 120 IN CHAIN B ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	4685	5 %
R_work	0.1804	-	-
obs	0.1829	49448	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→62.962 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6424	0	187	236	6847

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6811
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	9301
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.85	2447
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	968
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1195

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.4231	151	0.4047	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.225-2.2512	0.435	157	0.3711	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2512-2.2786	0.3937	161	0.3714	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2786-2.3075	0.4228	123	0.3539	3094	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.3379	0.3552	159	0.3331	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3379-2.3699	0.3657	173	0.3318	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3699-2.4037	0.3657	153	0.3195	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4037-2.4396	0.4062	156	0.3021	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4396-2.4777	0.3136	174	0.3054	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4777-2.5184	0.3436	176	0.2784	2983	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5184-2.5618	0.3107	168	0.2698	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5618-2.6084	0.2927	187	0.2669	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6084-2.6585	0.2903	143	0.2416	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6585-2.7128	0.323	142	0.2306	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7128-2.7718	0.2695	156	0.225	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7718-2.8363	0.2537	115	0.2142	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8363-2.9072	0.244	150	0.2047	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9072-2.9858	0.2793	166	0.2013	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9858-3.0737	0.2174	163	0.1953	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0737-3.1729	0.2941	159	0.2012	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1729-3.2863	0.2953	136	0.1936	2969	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2863-3.4178	0.2292	171	0.166	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4178-3.5734	0.2134	155	0.1614	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5734-3.7617	0.2213	157	0.1514	2951	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7617-3.9974	0.2039	145	0.1449	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9974-4.306	0.1972	157	0.1279	2966	X-RAY DIFFRACTION	99
4.306-4.7392	0.1343	156	0.1154	2965	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7392-5.4246	0.2146	127	0.13	2963	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4246-6.8331	0.1665	170	0.1477	2953	X-RAY DIFFRACTION	99
6.8331-62.9875	0.1757	179	0.1433	2914	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

T23: -0.0044 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1302	-0.5951	-0.5762	1.6867	0.6344	1.9337	-0.004	-0.0154	0.0473	-0.2155	0.1103	-0.2124	-0.1436	0.1176	-0.089	0.3897	-0.0897	0.0085	0.2883	0.3106	11.0513	10.4677	31.7254
2	0.9793	-0.4315	0.4886	1.6114	-1.1643	3.1655	0.0504	-0.0973	-0.0672	0.1051	0.0859	0.0121	-0.0482	-0.0647	-0.121	0.3352	-0.0618	-0.0164	0.3202	0.2906	2.7978	5.9588	67.6364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 67:482)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN B AND RESID 69:482)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 247分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 7種, 247分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 7種, 247分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)