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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fhz | ||||||
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タイトル | Human aldehyde dehydrogenase 1A3 complexed with NAD(+) and retinoic acid | ||||||
要素 | Aldehyde dehydrogenase family 1 member A3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Human (ヒト) / retinaldehyde dehydrogenase / tetramer (四量体) / product-bound structure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway ...nucleus accumbens development / optic cup morphogenesis involved in camera-type eye development / olfactory pit development / Harderian gland development / retinoic acid biosynthetic process / embryonic eye morphogenesis / レチナールデヒドロゲナーゼ / embryonic camera-type eye development / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / RA biosynthesis pathway / righting reflex / retinal metabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase activity / retinoic acid metabolic process / retinol metabolic process / inner ear morphogenesis / thyroid hormone binding / face development / neuromuscular process controlling balance / NAD+ binding / locomotory behavior / protein homotetramerization / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Moretti, A. / Rizzi, M. / Garavaglia, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016 タイトル: Crystal structure of human aldehyde dehydrogenase 1A3 complexed with NAD(+) and retinoic acid. 著者: Moretti, A. / Li, J. / Donini, S. / Sobol, R.W. / Rizzi, M. / Garavaglia, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5fhz.cif.gz | 724.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5fhz.ent.gz | 602.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5fhz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/5fhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fh/5fhz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bxsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 29 - 501 / Label seq-ID: 46 - 518
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58186.527 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Missing residues of the crystal structure are due to weak electron density 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A3, ALDH6 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47895, aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 化合物 | ChemComp-REA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 0.24 M Na2 malonate pH 7.0, 10 mM TCEP hydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.899 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.899 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→49.57 Å / Num. all: 364821 / Num. obs: 100139 / % possible obs: 98.29 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1822 / Net I/σ(I): 5.35 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / % possible all: 97.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1BXS 解像度: 2.9→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 23.02 / SU ML: 0.432 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.482 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.479 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.57 Å
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拘束条件 |
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