[日本語] English
- PDB-5ffj: Structure of a nuclease-deletion mutant of the Type ISP restricti... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ffj
タイトルStructure of a nuclease-deletion mutant of the Type ISP restriction-modification enzyme LlaGI in complex with a DNA substrate mimic
要素
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*T)-3')
  • Endonuclease and methylase LlaGI
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Helicase-like ATPase / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / DNA-binding protein (DNA結合タンパク質) / restriction-modification enzyme / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / endonuclease activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mrr-like domain / 制限酵素 / Type ISP restriction-modification enzyme LLaBIII, C-terminal specificity domain / Type ISP C-terminal specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit ...Mrr-like domain / 制限酵素 / Type ISP restriction-modification enzyme LLaBIII, C-terminal specificity domain / Type ISP C-terminal specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Restriction endonuclease type II-like / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNAメチルトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Saikrishnan, K. / Kulkarni, M. / Nirwan, N.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号
Wellcome DBT India Alliance500048-Z-09-Z インド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2016
タイトル: Structural insights into DNA sequence recognition by Type ISP restriction-modification enzymes
著者: Kulkarni, M. / Nirwan, N. / van Aelst, K. / Szczelkun, M.D. / Saikrishnan, K.
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endonuclease and methylase LlaGI
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*G)-3')
B: Endonuclease and methylase LlaGI
E: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,6626
ポリマ-349,6626
非ポリマー00
1448
1
A: Endonuclease and methylase LlaGI
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*T)-3')
C: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,8313
ポリマ-174,8313
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area50060 Å2
手法PISA
2
B: Endonuclease and methylase LlaGI
E: DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,8313
ポリマ-174,8313
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7270 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area58120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.400, 222.290, 117.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Endonuclease and methylase LlaGI


分子量: 160719.688 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 166-1570 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93R01
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*T)-3')


分子量: 6926.485 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*CP*TP*GP*GP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*G)-3')


分子量: 7184.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#4: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM Tris-HCl, 20%(w/v) PEG 20000, 4%(w/v) PEG 550 MME, 150 to 250 mM sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 101571 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.84→2.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.84→50 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 5107 5.03 %
Rwork0.2293 --
obs0.231 101504 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17407 1813 0 8 19228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00419756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76727199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7977142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0323098
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.84-2.87230.34421570.31053205X-RAY DIFFRACTION99
2.8723-2.90610.3391650.29963217X-RAY DIFFRACTION100
2.9061-2.94150.31031750.28853206X-RAY DIFFRACTION100
2.9415-2.97870.32831660.29013178X-RAY DIFFRACTION100
2.9787-3.01790.32441530.27643283X-RAY DIFFRACTION100
3.0179-3.05930.33521860.28293130X-RAY DIFFRACTION100
3.0593-3.1030.30941700.28713268X-RAY DIFFRACTION100
3.103-3.14930.34111660.28733169X-RAY DIFFRACTION100
3.1493-3.19850.3021730.26133189X-RAY DIFFRACTION100
3.1985-3.25090.31411720.25253236X-RAY DIFFRACTION100
3.2509-3.3070.28511710.24213180X-RAY DIFFRACTION100
3.307-3.36710.27761810.23873255X-RAY DIFFRACTION100
3.3671-3.43190.26891700.24143165X-RAY DIFFRACTION100
3.4319-3.50190.26981710.25183233X-RAY DIFFRACTION100
3.5019-3.57810.32541610.24893198X-RAY DIFFRACTION100
3.5781-3.66130.28351680.24963240X-RAY DIFFRACTION100
3.6613-3.75280.28091690.23193190X-RAY DIFFRACTION100
3.7528-3.85430.24441600.22073225X-RAY DIFFRACTION100
3.8543-3.96770.23311610.21243249X-RAY DIFFRACTION100
3.9677-4.09570.26571740.20473194X-RAY DIFFRACTION100
4.0957-4.24210.23451530.19193223X-RAY DIFFRACTION100
4.2421-4.41190.21871990.20143205X-RAY DIFFRACTION100
4.4119-4.61270.23931930.19333201X-RAY DIFFRACTION100
4.6127-4.85580.22331920.19673212X-RAY DIFFRACTION100
4.8558-5.15990.25431760.20793199X-RAY DIFFRACTION100
5.1599-5.55810.25891640.22193247X-RAY DIFFRACTION100
5.5581-6.1170.21711490.23333234X-RAY DIFFRACTION100
6.117-7.00120.29461710.22733225X-RAY DIFFRACTION100
7.0012-8.81710.25071780.21383235X-RAY DIFFRACTION100
8.8171-63.94720.22911630.23493206X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る