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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f1q | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Periplasmic Dipeptide Transport Protein from Yersinia pestis | ||||||
要素 | Periplasmic dipeptide transport protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta fold / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Yersinia pestis (ペスト菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.956 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Zhou, M. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Periplasmic Dipeptide Transport Protein from Yersinia pestis 著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5f1q.cif.gz | 423.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5f1q.ent.gz | 362.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5f1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/5f1q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 62117.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: Nepal516 / 遺伝子: YPN_3652 / プラスミド: pMCSG28 / 詳細 (発現宿主): C-terminal His6 tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YM47 |
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-非ポリマー , 6種, 503分子
#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-GLN / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M phosphate-citrate, pH 4.2, 40:5(v/v) PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97916 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 93243 / Num. obs: 93243 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.04 Å2 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 7.98 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.956→28.311 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.956→28.311 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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