PDB-5ew5: Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ew5

タイトル

Crystal Structure of Colicin E9 In Complex with Its Immunity Protein Im9

要素

Colicin-E9
Colicin-E9 immunity protein

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

colicin /

complex /

toxin (毒素)

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity /

toxic substance binding /

endonuclease activity / killing of cells of another organism /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / protein-containing complex /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Klein, A. / Wojdyla, J.A. / Kleanthous, C.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Structural and biophysical analysis of nuclease protein antibiotics.
著者: Klein, A. / Wojdyla, J.A. / Joshi, A. / Josts, I. / McCaughey, L.C. / Housden, N.G. / Kaminska, R. / Byron, O. / Walker, D. / Kleanthous, C.

履歴

登録	2015年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ew5.cif.gz	435.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ew5.ent.gz	356.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ew5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ew5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/5ew5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jchS 2gzgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2b5u-1 1jch-3 1jch-2 2b5u-2 1p9m-d 1eo8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Colicin-E9

B: Colicin-E9

C: Colicin-E9

D: Colicin-E9

E: Colicin-E9 immunity protein

F: Colicin-E9 immunity protein

G: Colicin-E9 immunity protein

H: Colicin-E9 immunity protein

289 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Colicin-E9

E: Colicin-E9 immunity protein

登録者が定義した集合体
72.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Colicin-E9

F: Colicin-E9 immunity protein

登録者が定義した集合体
72.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Colicin-E9

H: Colicin-E9 immunity protein

登録者が定義した集合体
72.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Colicin-E9

G: Colicin-E9 immunity protein

登録者が定義した集合体
72.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.894, 116.050, 150.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	E
2	3	F
1	4	G
2	4	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	85 - 580
2	1	1	4	B	85 - 580
1	1	2	4	C	85 - 580
2	1	2	4	D	85 - 580
1	1	3	4	E	3 - 85
2	1	3	4	F	3 - 85
1	1	4	4	G	6 - 84
2	1	4	4	H	6 - 84

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.514385, -0.011156, -0.857487), (-0.010891, -0.99992, 0.006476), (-0.85749, 0.006008, -0.514465)	-19.54343, -24.34243, -34.30386

#1: タンパク質	Colicin-E9 分子量: 61563.145 Da / 分子数: 4 / 変異: Y324C, L447C, D448A, K449M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: col, cei / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P09883, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質	Colicin-E9 immunity protein / ImmE9 / Microcin-E9 immunity protein 分子量: 10663.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: imm, ceiE9 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13479
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.3M sodium malonate, PEG3350 / PH範囲: 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→29.6 Å / Num. obs: 53941 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.0127 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 3.37 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / R_sym value: 0.694 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JCH and 2GZG

1jch

2gzg

解像度: 3.2→29.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 31.06 / SU ML: 0.491 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27062	2705	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21242	-	-	-
obs	0.21544	50598	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.384 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.09 Å²	0 Å²	-7.09 Å²
2-	-	-2.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.2→29.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17364	0	0	22	17386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	17682
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	16851
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.957	23921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	3	38991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.111	5	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.886	25.267	824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.085	15	3088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.458	15	117
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	20302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3751
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.372	9.11	9066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.369	9.11	9065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.853	13.653	11310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.856	13.653	11311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.233	9.687	8616
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.233	9.687	8617
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.85	14.316	12612
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.316	71.522	19772
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	13.318	71.526	19770
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	7396	MEDIUM POSITIONAL	0.12	0.5
1	A	7396	MEDIUM THERMAL	8.23	2
2	C	7372	MEDIUM POSITIONAL	0.1	0.5
2	C	7372	MEDIUM THERMAL	6	2
3	E	1251	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
3	E	1251	MEDIUM THERMAL	6.17	2
4	G	1034	MEDIUM POSITIONAL	0.16	0.5
4	G	1034	MEDIUM THERMAL	12.8	2

LS精密化シェル

解像度: 3.199→3.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.419	180	-
R_work	0.351	3540	-
obs	-	-	93.4 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)