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- PDB-5ems: Crystal Structure of an iodinated insulin analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ems
タイトルCrystal Structure of an iodinated insulin analog
要素(Insulinインスリン) x 2
キーワードHORMONE (ホルモン) / insulin (インスリン) / non-standard modification / protein design (タンパク質設計) / protein engineering (タンパク質工学)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / negative regulation of fatty acid metabolic process / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / negative regulation of fatty acid metabolic process / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / Insulin processing / negative regulation of feeding behavior / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of dendritic spine maintenance / alpha-beta T cell activation / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / fatty acid homeostasis / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of glycogen biosynthetic process / positive regulation of lipid biosynthetic process / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of gluconeogenesis / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / COPI-mediated anterograde transport / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / 小胞 / positive regulation of protein autophosphorylation / insulin-like growth factor receptor binding / Insulin receptor recycling / positive regulation of protein metabolic process / NPAS4 regulates expression of target genes / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / neuron projection maintenance / positive regulation of brown fat cell differentiation / activation of protein kinase B activity / positive regulation of glycolytic process / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / Regulation of insulin secretion / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of protein secretion / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of glucose import / negative regulation of proteolysis / regulation of synaptic plasticity / wound healing / insulin receptor binding / 認識 / negative regulation of protein catabolic process / positive regulation of neuron projection development / hormone activity / vasodilation / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / glucose metabolic process / regulation of protein localization / glucose homeostasis / cell-cell signaling / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / 小胞体 / ゴルジ体 / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
インスリン / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
フェノール / インスリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Pandyarajan, V. / Wan, Z. / Weiss, M.A.
資金援助 米国, オーストラリア, 7件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK04949 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK079233 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)F30 DK094685-04 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM007250 米国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1005896 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1058233 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)361646 オーストラリア
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / : 2016
タイトル: Extending Halogen-based Medicinal Chemistry to Proteins: IODO-INSULIN AS A CASE STUDY.
著者: El Hage, K. / Pandyarajan, V. / Phillips, N.B. / Smith, B.J. / Menting, J.G. / Whittaker, J. / Lawrence, M.C. / Meuwly, M. / Weiss, M.A.
履歴
登録2015年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22016年12月21日Group: Database references
改定 1.32017年1月11日Group: Database references
改定 1.42017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin
I: Insulin
J: Insulin
K: Insulin
L: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33222
ポリマ-35,56512
非ポリマー76610
1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18580 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.430, 61.630, 58.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 12分子 ACEGIKBDFHJL

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin / インスリン


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin / インスリン


分子量: 3543.827 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 4種, 85分子

#3: 化合物
ChemComp-IPH / PHENOL / フェノ-ル / フェノール


分子量: 94.111 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C6H6O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 0.08% zinc acetate, 2% phenol

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データ収集

回折平均測定温度: 233 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.85 Å / Num. obs: 13255 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 4.76 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 18.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZNJ
解像度: 2.3→40.847 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 1330 10.03 %
Rwork0.1626 --
obs0.1696 11926 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2305 0 46 75 2426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0893234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.56796
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38220.32391070.2471978X-RAY DIFFRACTION78
2.3822-2.47750.30071290.2071151X-RAY DIFFRACTION92
2.4775-2.59030.25921300.18951165X-RAY DIFFRACTION95
2.5903-2.72680.33881350.18761200X-RAY DIFFRACTION96
2.7268-2.89760.31811340.1921204X-RAY DIFFRACTION99
2.8976-3.12130.28581390.19031239X-RAY DIFFRACTION100
3.1213-3.43520.24381350.16851242X-RAY DIFFRACTION100
3.4352-3.9320.19741360.14141239X-RAY DIFFRACTION100
3.932-4.95250.17071460.12911235X-RAY DIFFRACTION100
4.9525-40.85370.1931390.14461273X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0317-0.1511-0.68376.1314-2.00836.1787-0.1747-0.85470.38360.6966-0.1331-0.735-0.38710.76610.24820.36510.0297-0.13850.529-0.09280.4008-5.08383.414757.6567
23.282-4.9638-2.85918.2933.0855.4659-0.303-0.2581-0.05110.43050.1534-0.42230.62290.44550.18820.31940.0047-0.05740.2492-0.00640.4047-11.273-2.191153.1423
33.38680.1176-1.41199.1-3.52782.3892-0.1701-0.0893-0.6119-0.96030.10820.33370.3794-0.01010.1490.438-0.012-0.01530.23460.0260.3391-17.3679-18.390147.2766
46.474-1.9576-1.07493.82651.11763.2617-0.2487-0.3243-0.40040.5327-0.0488-0.13160.56980.43190.38680.37360.02610.02650.32460.03730.3132-13.4056-10.149248.8043
56.37750.3549-0.61495.2947-0.50922.97290.09020.23960.7545-0.0058-0.2766-0.1994-0.7664-0.14430.02770.3298-0.0239-0.0080.28770.13410.4458-14.32917.138133.8272
64.5425-0.1396-2.05873.67920.32372.7578-0.2164-0.0760.55050.1262-0.0738-0.0891-0.17890.23440.22360.26940.0321-0.01610.29690.04020.4353-10.10729.995137.4427
73.64563.01832.21414.85621.85455.02690.22580.5741-0.09980.29250.2474-0.70830.4520.532-0.51880.26860.0454-0.01620.4436-0.00380.61133.2811-2.279837.0966
83.59022.96811.74427.82225.65588.40220.12270.12990.3937-0.28790.0828-0.3862-0.37330.4428-0.22220.24420.03380.02980.28590.0380.4912-4.4482.454835.0215
95.7104-1.23133.98865.24772.59618.1488-0.0057-0.4505-0.13790.4419-0.09960.67060.2183-0.84780.03210.25350.03820.10470.36340.00920.3732-32.4233-0.777748.7411
107.45363.30693.67175.15262.74934.9282-0.1460.26850.1120.1999-0.16350.7107-0.1251-0.14450.33540.195-0.02260.02690.3249-0.03630.2894-27.046-0.04240.8898
112.5839-0.4117-1.77018.0427-0.68617.28170.34170.92510.2371-0.9083-0.32670.3319-0.1072-0.65760.00020.32260.0909-0.05990.4251-0.01770.3249-22.4608-2.014423.6534
124.1133-3.41950.34293.72860.31735.38380.17670.7699-0.0742-0.0495-0.28370.6088-0.0702-0.25280.10270.2649-0.0187-0.01570.353-0.00760.3473-23.5905-3.15332.7744
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H'
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'I'
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'J'
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K'
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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