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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ejj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UfSP from C.elegans | ||||||
要素 | Ufm1-specific protease | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Ufm1 / UfSP / Deufmylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deUFMylase activity / protein localization to non-motile cilium / positive regulation of chemotaxis / 走化性 / response to ethanol / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / タンパク質分解 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, K. / Ha, B. / Kim, E.E. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016 タイトル: The MPN domain of Caenorhabditis elegans UfSP modulates both substrate recognition and deufmylation activity 著者: Ha, B.H. / Kim, K.H. / Yoo, H.M. / Lee, W. / Kim, E.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ejj.cif.gz | 220.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ejj.ent.gz | 176.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ejj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/5ejj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64095.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: odr-8, ufsp-2, F38A5.1 / プラスミド: pET28a / 細胞株 (発現宿主): BL21RIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q94218, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.02 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Bicine, Ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月25日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 66417 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 28.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 77.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→41.278 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.58 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.278 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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