登録情報 データベース : PDB / ID : 5e9b 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Crystal structure of human heparanase in complex with HepMer M09S05a 要素(Heparanase ) x 2 詳細 キーワード HYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / ligand 3 (リガンド) / protein (タンパク質) / sugar (砂糖)機能・相同性 機能・相同性情報生物種 Homo sapiens (ヒト)手法 X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度 : 1.88 Å 詳細データ登録者 Wu, L. / Davies, G.J. 引用ジャーナル : Nat.Struct.Mol.Biol. / 年 : 2015タイトル : Structural characterization of human heparanase reveals insights into substrate recognition.著者 : Wu, L. / Viola, C.M. / Brzozowski, A.M. / Davies, G.J. 履歴 登録 2015年10月14日 登録サイト : PDBE / 処理サイト : PDBE改定 1.0 2015年11月18日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2015年12月2日 Group : Database references改定 1.2 2015年12月16日 Group : Database references改定 1.3 2019年10月16日 Group : Data collection / カテゴリ : reflns_shell / Item : _reflns_shell.Rmerge_I_obs改定 2.0 2020年7月15日 Group : Advisory / Atomic model ... Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ : atom_site / atom_sites ... atom_site / atom_sites / atom_type / chem_comp / computing / diffrn / entity / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / pdbx_version / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns_shell / software / struct / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site / struct_site_gen Item : _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] ... _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.deposit_site / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct.pdbx_CASP_flag / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_site.pdbx_num_residues 解説 : Ligand geometry / Provider : author / タイプ : Coordinate replacement改定 3.0 2020年7月29日 Group : Atomic model / Data collection ... Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ : atom_site / chem_comp ... atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item : _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ... _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説 : Carbohydrate remediation / Provider : repository / タイプ : Remediation改定 3.1 2024年1月10日 Group : Data collection / Database references ... Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ : chem_comp / chem_comp_atom ... chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item : _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
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