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万見
- PDB-5e97: Glycoside Hydrolase ligand structure 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+97
タイトルGlycoside Hydrolase ligand structure 1
要素(Heparanase) x 2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / ligand 1 (リガンド) / protein (タンパク質) / sugar (砂糖)
機能・相同性
機能・相同性情報


heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / beta-glucuronidase activity / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / proteoglycan metabolic process / HS-GAG degradation / protein transmembrane transport / positive regulation of hair follicle development ...heparanase / heparanase activity / regulation of hair follicle development / heparin metabolic process / beta-glucuronidase activity / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / proteoglycan metabolic process / HS-GAG degradation / protein transmembrane transport / positive regulation of hair follicle development / syndecan binding / vascular wound healing / angiogenesis involved in wound healing / establishment of endothelial barrier / positive regulation of osteoblast proliferation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of blood coagulation / 細胞外マトリックス / lysosomal lumen / cell-matrix adhesion / response to organic substance / specific granule lumen / リソソーム / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 脂質ラフト / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ニトロフェノール / Heparanase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Wu, L. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council 英国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of human heparanase reveals insights into substrate recognition.
著者: Wu, L. / Viola, C.M. / Brzozowski, A.M. / Davies, G.J.
履歴
登録2015年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月2日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparanase
B: Heparanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,21812
ポリマ－52,2762
非ポリマー1,94210
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11650 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.880, 70.890, 78.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Heparanase / / Endo-glucoronidase / Heparanase-1 / Hpa1


分子量: 43733.324 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 158-543 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase
#2: タンパク質 Heparanase / / Endo-glucoronidase / Heparanase-1 / Hpa1


分子量: 8542.769 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 36-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPSE, HEP, HPA, HPA1, HPR1, HPSE1, HSE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9Y251, heparanase

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2- ...2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 776.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAca1-4DGlcpAb1-4DGlcpNAca1-4DGlcpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122A-1b_1-5][a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 402分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL / 4-ニトロフェノール


分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M MES [5.5] 0.1 M MgCl2 17% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→38.42 Å / Num. obs: 61989 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.64→1.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5e8m

5e8m


解像度: 1.63→38.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.156 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19677 3125 5.1 %taken from apo structure
Rwork0.16571 ---
obs0.16733 57972 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å2-0 Å20.57 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.63→38.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3643 0 122 397 4162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193868
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6712.0095247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97438550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3365459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2923.5160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.52415649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4691522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02885
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1852.61839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1852.5971838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3283.8852297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3273.8882298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9053.0872029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9043.092030
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5534.4722951
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.63822.544619
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.63722.5514620
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 226 -
Rwork0.298 4264 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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