[日本語] English
万見
- PDB-5e31: 2.3 Angstrom Crystal Structure of the Monomeric Form of Penicilli... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+31
タイトル2.3 Angstrom Crystal Structure of the Monomeric Form of Penicillin Binding Protein 2 Prime from Enterococcus faecium.
要素Penicillin binding protein 2 prime
キーワードPENICILLIN-BINDING PROTEIN (ペニシリン結合タンパク質) / penicillin binding protein 2 prime / PBP2 / CSGID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / response to antibiotic / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
NTF2-like N-terminal transpeptidase / NTF2-like N-terminal transpeptidase domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / NTF2-like domain superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin binding protein 2 prime
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium DO (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Filippova, E. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.3 Angstrom Crystal Structure of the Monomeric Form of Penicillin Binding Protein 2 Prime from Enterococcus faecium.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Flores, K. / Filippova, E. / Grimshaw, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Penicillin binding protein 2 prime


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7611
ポリマ－70,7611
非ポリマー00
水4,378243
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.440, 64.340, 182.786
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Penicillin binding protein 2 prime


分子量: 70760.672 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-678 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus faecium DO (バクテリア)
遺伝子: pbp5, HMPREF0351_11456 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q3XZN6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 13.9 mg/ml, 0.5M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCL (pH 8.3), 5mM Penicillin V; Screen: Classics II (H7), 0.15M DL-Malic acid (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月24日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.12 Å / Num. obs: 33135 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DVY

5dvy


解像度: 2.3→29.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 13.204 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24445 1677 5.1 %RANDOM
Rwork0.19676 ---
obs0.19925 30970 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å20 Å20 Å2
2---3.71 Å20 Å2
3---5.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→29.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4898 0 0 243 5141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.025022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024767
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.9816799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.751311057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.8255652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11526.933225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.36215866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6191511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0220.025817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.021030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6162.7382593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6172.7382592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1534.0993250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1534.0993251
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0133.1132429
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0123.1132429
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.8224.5083549
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.35122.25852
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.3422.0515789
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 117 -
Rwork0.242 2217 -
obs--97.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8406-1.92390.15223.0382-0.62131.2752-0.1191-0.19810.51860.05780.0873-0.414-0.40690.12610.03180.2746-0.03570.00290.283-0.01070.076745.5634-31.9043-2.9749
23.4522-2.90212.76652.4588-2.38752.4825-0.0772-0.3726-0.37750.10190.26070.2921-0.0927-0.0735-0.18350.25580.0352-0.01720.28310.11870.103116.3896-31.6928-8.9818
36.5956-2.7263-2.71811.1291.10291.47530.0316-0.13190.0988-0.00380.0534-0.0419-0.0880.1663-0.08510.04670.00630.00930.09310.0020.152928.2913-35.3556-34.2336
41.4906-1.8625-0.0183.8131-0.96610.6604-0.0723-0.12430.23720.2438-0.016-0.4541-0.1010.11040.08830.0696-0.0078-0.05590.0903-0.00080.130119.6058-15.9933-24.4758
50.605-0.00820.03541.685-0.26490.37120.0303-0.0612-0.00150.1075-0.01130.0882-0.0102-0.0129-0.01910.14460.0070.00950.18730.00370.0049-2.83276.8176-29.2959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2A161 - 184
3X-RAY DIFFRACTION2A306 - 345
4X-RAY DIFFRACTION3A185 - 265
5X-RAY DIFFRACTION4A266 - 305
6X-RAY DIFFRACTION4A383 - 412
7X-RAY DIFFRACTION5A346 - 382
8X-RAY DIFFRACTION5A413 - 678

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る