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- PDB-5e12: Crystal Structure of PASTA Domains 2, 3 and 4 of Mycobacterium tu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5000000000000
タイトルCrystal Structure of PASTA Domains 2, 3 and 4 of Mycobacterium tuberculosis Protein Kinase B
要素Serine/threonine-protein kinase PknB
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / extracellular sensor domain / peptidoglycan binding (ペプチドグリカン) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth rate / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / negative regulation of protein binding ...negative regulation of growth rate / acetyltransferase activator activity / negative regulation of catalytic activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / response to host immune response / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of DNA binding / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / negative regulation of protein binding / manganese ion binding / regulation of cell shape / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / パスタ / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Trypsin Inhibitor V; Chain A - #20 / PASTA domain / PASTA domain / PASTA domain profile. / パスタ / Trypsin Inhibitor V; Chain A / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Serine/threonine-protein kinase PknB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.208 Å
データ登録者Prigozhin, D.M. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM70962 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural and Genetic Analyses of the Mycobacterium tuberculosis Protein Kinase B Sensor Domain Identify a Potential Ligand-binding Site.
著者: Prigozhin, D.M. / Papavinasasundaram, K.G. / Baer, C.E. / Murphy, K.C. / Moskaleva, A. / Chen, T.Y. / Alber, T. / Sassetti, C.M.
履歴
登録2015年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PknB
B: Serine/threonine-protein kinase PknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9113
ポリマ－42,7222
非ポリマー1891
水2,540141
1
A: Serine/threonine-protein kinase PknB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5502
ポリマ－21,3611
非ポリマー1891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase PknB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3611
ポリマ－21,3611
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.297, 24.524, 73.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PknB


分子量: 21360.895 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 423-626 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: pknB, Rv0014c, MTCY10H4.14c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WI81, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M citrate pH 3.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41.902 Å / Num. obs: 18775 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Χ2: 1.154 / Net I/av σ(I): 7.79 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 74634
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.2840.65517991.419100
2.28-2.3740.59718531.404100
2.37-2.4840.49918691.28599.9
2.48-2.6140.41518311.26799.8
2.61-2.7740.29518701.055100
2.77-2.9940.21818630.94999.9
2.99-3.2940.14518630.98999.9
3.29-3.7640.09818851.016100
3.76-4.743.90.05519201.0299.4
4.74-503.90.04520221.149100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.208→41.902 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1866 10 %
Rwork0.2021 16793 -
obs0.2068 18659 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.21 Å2 / Biso mean: 30.8683 Å2 / Biso min: 7.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.208→41.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2898 0 13 141 3052
Biso mean--50.18 32 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032968
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7034053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4781097
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2084-2.26810.32241260.26521168129493
2.2681-2.33480.33971400.261238137899
2.3348-2.41020.30551390.24741317145699
2.4102-2.49630.27641430.23621275141899
2.4963-2.59630.26891390.24041268140799
2.5963-2.71440.36271440.23611289143399
2.7144-2.85750.3311500.24291254140499
2.8575-3.03650.27781430.226813301473100
3.0365-3.27080.23751460.211812681414100
3.2708-3.59980.25131430.191313201463100
3.5998-4.12030.21551410.167513331474100
4.1203-5.18970.18031510.14791324147599
5.1897-41.90960.19661610.18214091570100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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