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万見
- PDB-5dwy: Crystal structure of a substrate-free glutamate transporter homol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dwy
タイトルCrystal structure of a substrate-free glutamate transporter homologue GltTk
要素Proton/glutamate symporter, SDF family
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / AMINO ACID TRANSPORTER / ASPARTATE TRANSPORT / GLUTAMATE TRANSPORT HOMOLOGUE / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxylic acid transport / symporter activity / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Proton glutamate symport protein / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Proton/glutamate symporter, SDF family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Guskov, A. / Slotboom, D.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWO865.11.001 オランダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Coupled binding mechanism of three sodium ions and aspartate in the glutamate transporter homologue GltTk.
著者: Guskov, A. / Jensen, S. / Faustino, I. / Marrink, S.J. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2015年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22016年11月23日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton/glutamate symporter, SDF family
B: Proton/glutamate symporter, SDF family
C: Proton/glutamate symporter, SDF family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,73339
ポリマ－140,0563
非ポリマー4,67736
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18110 Å2
ΔGint53 kcal/mol
Surface area50330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.010, 116.010, 308.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Proton/glutamate symporter, SDF family


分子量: 46685.363 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (strain ATCC BAA-918 / JCM 12380 / KOD1) (古細菌)
遺伝子: TK0986 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JID0
#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド / Octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000, 1% OG, 60mM Ca2+/Mg2+, 100mM HEPES
PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 52820 / % possible obs: 79 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.7→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 17.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KY0

4ky0


解像度: 2.7→47.765 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 2634 4.99 %Random
Rwork0.1975 ---
obs0.1995 52820 78.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.765 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9559 0 311 60 9930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12313634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9795947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.74910.4731200.4143529X-RAY DIFFRACTION16
7.197-47.77220.27311870.22563531X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98791.01420.63991.16210.62320.4305-0.66110.71020.2515-0.5844-0.0105-0.18620.15711.4757-0.05130.99360.39980.17151.43230.27970.9153-20.939-14.995120.5038
21.224-0.27650.55391.6069-0.82371.43020.01050.0537-0.3766-0.23210.05440.08890.68770.12990.04470.9962-0.0925-0.06940.2175-0.03850.5229-48.9745-21.181121.8858
31.6484-0.45470.44151.3525-0.47751.88450.01530.3325-0.1278-0.6373-0.0137-0.01460.81340.4208-0.00210.9579-0.06780.00330.34-0.01380.4008-45.7718-13.740813.3861
41.375-0.28770.9150.54720.37781.21660.01-0.0847-0.4279-0.51230.10560.16480.5756-0.2105-0.01141.1966-0.0376-0.07110.2728-0.03070.5628-46.4938-26.340327.1673
51.430.45-0.34711.3798-0.72371.8846-0.24580.24-0.0138-0.24990.20960.43650.1447-0.89930.00810.5674-0.1536-0.16030.60240.05080.7026-79.4823.192420.9054
60.4104-0.4908-0.02420.6494-0.05930.21580.60890.51260.39630.34440.34130.2393-1.08030.8303-0.00080.8838-0.21220.19531.38-0.16560.998-82.431316.192250.3849
71.96330.2446-0.21321.1633-0.15922.3165-0.18290.32980.0262-0.29460.12530.2831-0.075-0.67550.00080.521-0.1318-0.20770.40690.05750.5308-73.424411.101318.1455
81.21960.3666-0.26241.0814-0.75470.5263-0.06240.12360.09220.29520.13210.1644-0.6573-0.59770.00020.67210.1203-0.09150.68020.07280.8297-81.726813.577934.5806
92.9148-0.3546-1.16210.45130.57010.92170.00240.66220.44790.644-0.04860.2866-1.0485-0.53290.00791.2238-0.0479-0.1270.47960.19390.8912-50.290241.876231.2074
101.69870.26780.12931.52110.70642.0318-0.1491-0.0003-0.0696-0.0254-0.1265-0.2876-0.09260.7447-0.02410.5587-0.3739-0.07880.46760.27260.4909-31.42620.319829.8247
110.98880.32610.20282.41270.10771.5681-0.16660.23410.1067-0.148-0.0615-0.0622-0.30530.3729-0.05170.6171-0.3024-0.07040.3180.1670.4045-37.78122.001220.0119
120.7201-0.2036-0.6830.9375-0.13430.861-0.1241-0.1006-0.04690.2599-0.0779-0.0159-0.0410.8343-0.00140.7092-0.3297-0.12730.64140.16860.5802-28.865923.688935.9021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 45 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 314 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 315 through 430 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 108 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 109 through 131 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 132 through 314 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 315 through 430 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 5 through 45 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 46 through 132 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 133 through 314 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 315 through 432 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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