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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5do9 | ||||||
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タイトル | Structure of regulator of G protein signaling 8 (RGS8) in complex with AlF4-activated Galpha-q | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / GTP-Binding Protein alpha subunits (Gタンパク質) / Gq-G11 / RGS proteins | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events / forebrain neuron development / regulation of melanocyte differentiation / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G-protein activation / G alpha (q) signalling events ...Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / PLC beta mediated events / forebrain neuron development / regulation of melanocyte differentiation / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G-protein activation / G alpha (q) signalling events / endothelin receptor signaling pathway / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / developmental pigmentation / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / regulation of dopamine receptor signaling pathway / cranial skeletal system development / regulation of platelet activation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / maternal behavior / glutamate receptor signaling pathway / regulation of canonical Wnt signaling pathway / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / 活動電位 / neuronal cell body membrane / neuron remodeling / embryonic digit morphogenesis / ligand-gated ion channel signaling pathway / negative regulation of potassium ion transport / enzyme regulator activity / negative regulation of signal transduction / GTPase activator activity / post-embryonic development / G protein activity / skeletal system development / G protein-coupled receptor binding / カベオラ / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / positive regulation of insulin secretion / positive regulation of GTPase activity / 血圧 / heterotrimeric G-protein complex / cell body / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / heart development / G alpha (i) signalling events / perikaryon / 核膜 / protein stabilization / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / 樹状突起 / シナプス / protein-containing complex binding / GTP binding / negative regulation of apoptotic process / ゴルジ体 / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, V.G. / Tesmer, J.J.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016 タイトル: Structure of the Regulator of G Protein Signaling 8 (RGS8)-G alpha q Complex: MOLECULAR BASIS FOR G alpha SELECTIVITY. 著者: Taylor, V.G. / Bommarito, P.A. / Tesmer, J.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5do9.cif.gz | 578.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5do9.ent.gz | 477 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5do9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5do9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 36853.871 Da / 分子数: 3 断片: Guanine nucleotide-binding protein G(q) subunit alpha 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gnaq / プラスミド: pFastbac HT A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21279 #2: タンパク質 | 分子量: 15760.928 Da / 分子数: 3 / 断片: RGS Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RGS8 / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P57771 |
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-非ポリマー , 4種, 240分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Ammonium acetate, BisTris pH 5.5, PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0383 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0383 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 56869 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.764 / Net I/av σ(I): 14.233 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 211145 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.2066 / WRfactor Rwork: 0.1592 / FOM work R set: 0.827 / SU B: 23.884 / SU ML: 0.219 / SU R Cruickshank DPI: 0.5517 / SU Rfree: 0.2745 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.552 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 256.16 Å2 / Biso mean: 47.491 Å2 / Biso min: 18.62 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.597→2.664 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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