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- PDB-5d1f: Crystal structure of maize PDRP bound with AMP and Hg2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d1f
タイトルCrystal structure of maize PDRP bound with AMP and Hg2+
要素Pyruvate, phosphate dikinase regulatory protein, chloroplasticピルビン酸
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PDRP / reversible phosphorylation / C4 photosynthesis (C4型光合成) / ADP-dependent protein kinase/Pi-dependent protein phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate, phosphate dikinase] kinase / [pyruvate, phosphate dikinase]-phosphate phosphotransferase / phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / 葉緑体 / リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional kinase-pyrophosphorylase / Pyruvate Pi dikinase regulator, chloroplast / Putative pyruvate, phosphate dikinase regulatory protein / Kinase/pyrophosphorylase
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / : / Pyruvate, phosphate dikinase regulatory protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jiang, L. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Reversible Phosphorylation by Maize Pyruvate Orthophosphate Dikinase Regulatory Protein
著者: Jiang, L. / Chen, Y.B. / Zheng, J. / Chen, Z. / Liu, Y. / Tao, Y. / Wu, W. / Chen, Z. / Wang, B.C.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate, phosphate dikinase regulatory protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2994
ポリマ－44,7271
非ポリマー5723
水28816
1
A: Pyruvate, phosphate dikinase regulatory protein, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Pyruvate, phosphate dikinase regulatory protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5998
ポリマ－89,4552
非ポリマー1,1446
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area9930 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.514, 175.514, 175.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-615-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Pyruvate, phosphate dikinase regulatory protein, chloroplastic / ピルビン酸 / Bifunctional dikinase regulatory protein / BFRP / Pyruvate / Pi dikinase regulatory protein / PPDK ...Bifunctional dikinase regulatory protein / BFRP / Pyruvate / Pi dikinase regulatory protein / PPDK regulatory protein


分子量: 44727.297 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 38-426
変異: A106V, F238S, V266A, F271L, A310D, G335A, V371A, W375S
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: PDRP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q195N6, [pyruvate, phosphate dikinase] kinase, [pyruvate, phosphate dikinase]-phosphate phosphotransferase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / 水銀


分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: peg, dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 13309 / Num. obs: 13309 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 217.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/av σ(I): 55.5 / Net I/σ(I): 55.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 15.532 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.523 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24273 661 5 %RANDOM
Rwork0.22305 ---
obs0.22404 12469 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.392 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.4→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1973 0 25 16 2014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192038
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9682795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95734185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0515271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.08925.26376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.20115276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.212156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9435.0461093
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9375.0441092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1747.5411361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1757.5431362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9215.09943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.925.09944
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9277.5391434
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.74839.552309
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.74839.5652309
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 38 -
Rwork0.382 834 -
obs--93.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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