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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cs3 | ||||||
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タイトル | The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with (H)EPPS | ||||||
要素 | Hepatocyte growth factor肝細胞増殖因子 | ||||||
キーワード | HORMONE (ホルモン) / HGF/SF (肝細胞増殖因子) / NK1 fragment / fragment based drug discovery / growth factor (成長因子) / cell cycle (細胞周期) / new chemical entity (新規化学物質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / 上皮間葉転換 / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Interleukin-7 signaling / cell chemotaxis / negative regulation of autophagy / liver development / platelet alpha granule lumen / epithelial cell proliferation / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Sigurdardottir, A.G. / Winter, A. / Sobkowicz, A. / Fragai, M. / Chirgadze, D.Y. / Ascher, D.B. / Blundell, T.L. / Gherardi, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2015 タイトル: Exploring the chemical space of the lysine-binding pocket of the first kringle domain of hepatocyte growth factor/scatter factor (HGF/SF) yields a new class of inhibitors of HGF/SF-MET binding. 著者: Sigurdardottir, A.G. / Winter, A. / Sobkowicz, A. / Fragai, M. / Chirgadze, D. / Ascher, D.B. / Blundell, T.L. / Gherardi, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cs3.cif.gz | 85.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cs3.ent.gz | 63.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cs3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/5cs3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/5cs3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21172.273 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-210 / 変異: A29V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGF, HPTA / 発現宿主: Komagataella pastoris CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: P14210 #2: 化合物 | ChemComp-EP1 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris / PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→34.3 Å / Num. obs: 13345 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / % possible all: 99.99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1NK1 解像度: 2.5→34.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 12.198 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.875 / ESU R Free: 0.387 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.156 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→34.3 Å
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拘束条件 |
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