+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cjp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Structural Basis for Cdc42-Induced Dimerization of IQGAPs | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / IQGAP2 GAP related domain X-ray GTPase interactions Complex Cdc42 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / : / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / thrombin-activated receptor signaling pathway / protein localization => GO:0008104 / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex ...: / mitotic actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / : / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / thrombin-activated receptor signaling pathway / protein localization => GO:0008104 / GBD domain binding / submandibular salivary gland formation / actin filament branching / Golgi transport complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Arp2/3 complex binding / positive regulation of pinocytosis / modification of synaptic structure / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / Cdc42 protein signal transduction / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / positive regulation of synapse structural plasticity / dendritic cell migration / storage vacuole / GTPase inhibitor activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / neuron fate determination / modulation by host of viral process / organelle transport along microtubule / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of pseudopodium assembly / Inactivation of CDC42 and RAC1 / cardiac conduction system development / GTP-dependent protein binding / regulation of filopodium assembly / establishment of Golgi localization / regulation of protein binding / leading edge membrane / neuropilin signaling pathway / positive regulation of intracellular protein transport / cell junction assembly / filopodium assembly / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / regulation of modification of postsynaptic structure / dendritic spine morphogenesis / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / embryonic heart tube development / thioesterase binding / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of lamellipodium assembly / nuclear migration / DCC mediated attractive signaling / adherens junction organization / 血管新生 / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of postsynapse organization / positive regulation of filopodium assembly / regulation of mitotic nuclear division / establishment or maintenance of cell polarity / phagocytosis, engulfment / RHOV GTPase cycle / heart contraction / Myogenesis / RHOJ GTPase cycle / Golgi organization / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of cytokinesis / RHO GTPases activate PAKs / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / 微絨毛 / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / macrophage differentiation / RHOG GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAC3 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / spindle midzone / positive regulation of DNA replication / negative regulation of protein-containing complex assembly / phagocytic vesicle / positive regulation of lamellipodium assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / RAC1 GTPase cycle / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / GTPase activator activity / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / secretory granule membrane / filopodium / 分泌 / cell projection / actin filament organization / integrin-mediated signaling pathway / RHO GTPases Activate Formins / regulation of actin cytoskeleton organization 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Worthylake, D.K. / Boyapati, V.K. / LeCour Jr, L. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: The Structural Basis for Cdc42-Induced Dimerization of IQGAPs. 著者: LeCour, L. / Boyapati, V.K. / Liu, J. / Li, Z. / Sacks, D.B. / Worthylake, D.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cjp.cif.gz | 302.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5cjp.ent.gz | 242.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cjp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/5cjp | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19758.748 Da / 分子数: 4 / 変異: Q61L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC42, hCG_1981007 / プラスミド: pPRO EX HTb 詳細 (発現宿主): plasmid encodes a TEV protease cleavable 6xHis tag which leaves a Gly-Ala cloning artifact preceding the initiator methionine 細胞株 (発現宿主): RIL / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: A0A024RAE4, UniProt: P60953*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 44058.094 Da / 分子数: 2 / Fragment: unp reesidues 875-1258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQGAP2 / プラスミド: pET Trx 詳細 (発現宿主): kanamycin, encodes E. coli thioredoxin and a TEV protease-cleavable 6xHis tag N-terminal to the IQGAP2 GAP-related domain 細胞株 (発現宿主): RIL / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q13576 #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28.5% (v/v) polyethylene glycol (PEG) MW 400, 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 6.5 and 40mM MgCl2. PH範囲: 6.5-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月12日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→20 Å / Num. obs: 61742 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/av σ(I): 2.9 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.71 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 33.9884 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 198.96 Å2 / Biso mean: 72.6528 Å2 / Biso min: 19.35 Å2
| ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.6→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | タイプ: c_angle_d / Dev ideal: 1.314 |