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万見
- PDB-5c6g: Structural Insights into the Scc2-Scc4 Cohesin Loader -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c6g
タイトルStructural Insights into the Scc2-Scc4 Cohesin Loader
要素
  • AGR133Cp
  • Sister chromatid cohesion protein 2
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / cohesin loader / TPR repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cohesin loading / SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / tRNA gene clustering / rDNA chromatin condensation / establishment of protein localization to chromatin / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / kinetochore binding ...positive regulation of cohesin loading / SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / tRNA gene clustering / rDNA chromatin condensation / establishment of protein localization to chromatin / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / kinetochore binding / chromatin => GO:0000785 / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / mitotic sister chromatid cohesion / double-strand break repair / 遺伝子発現の調節 / sequence-specific DNA binding / chromatin binding / クロマチン / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Chromatid cohesion factor MAU2 / Cohesin loading factor / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AGR133Cp / Sister chromatid cohesion protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Ashbya gossypii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Singleton, M.R. / Chao, W.C.H.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structural Studies Reveal the Functional Modularity of the Scc2-Scc4 Cohesin Loader.
著者: Chao, W.C. / Murayama, Y. / Munoz, S. / Costa, A. / Uhlmann, F. / Singleton, M.R.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGR133Cp
B: Sister chromatid cohesion protein 2
C: AGR133Cp
D: Sister chromatid cohesion protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,3244
ポリマ－190,3244
非ポリマー00
水18010
1
A: AGR133Cp
B: Sister chromatid cohesion protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1622
ポリマ－95,1622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12090 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area32430 Å2
手法PISA
2
C: AGR133Cp
D: Sister chromatid cohesion protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1622
ポリマ－95,1622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area32710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.240, 88.810, 116.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 AGR133Cp


分子量: 70537.055 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 34-653 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ashbya gossypii (菌類) / 株: ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056 / 遺伝子: AGOS_AGR133C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q74ZR5
#2: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 2


分子量: 24624.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類)
株: ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056 / 遺伝子: SCC2, AGL133W
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q750S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000, cacodylate. calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→98.66 Å / Num. obs: 63440 / % possible obs: 96.76 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.96
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.591

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→98.648 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.71 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2743 2991 5 %
Rwork0.2274 --
obs0.2297 59831 96.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→98.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11553 0 0 10 11563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23115902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8314389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471848
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042015
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.64260.36641550.30352701X-RAY DIFFRACTION98
2.6426-2.68820.31431370.30222734X-RAY DIFFRACTION98
2.6882-2.73710.33271560.29662689X-RAY DIFFRACTION98
2.7371-2.78970.37231480.30852726X-RAY DIFFRACTION98
2.7897-2.84670.34961300.30222755X-RAY DIFFRACTION98
2.8467-2.90860.33291310.30042753X-RAY DIFFRACTION98
2.9086-2.97630.33251430.28862713X-RAY DIFFRACTION98
2.9763-3.05070.35041430.29342757X-RAY DIFFRACTION98
3.0507-3.13320.30091330.28722662X-RAY DIFFRACTION96
3.1332-3.22540.38661270.28112702X-RAY DIFFRACTION96
3.2254-3.32950.29421590.27122738X-RAY DIFFRACTION99
3.3295-3.44850.31351340.26452736X-RAY DIFFRACTION98
3.4485-3.58660.28321250.25362767X-RAY DIFFRACTION98
3.5866-3.74980.28831670.23962703X-RAY DIFFRACTION98
3.7498-3.94750.27821600.2342674X-RAY DIFFRACTION97
3.9475-4.19480.25431520.2162712X-RAY DIFFRACTION97
4.1948-4.51870.24431370.2122636X-RAY DIFFRACTION94
4.5187-4.97350.23251500.20262605X-RAY DIFFRACTION93
4.9735-5.69310.27531320.20842703X-RAY DIFFRACTION95
5.6931-7.17240.3021580.21072665X-RAY DIFFRACTION94
7.1724-98.71880.18851140.16242709X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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