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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5bzu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the RNA-binding domain of yeast Puf5p bound to AAT2 RNA | ||||||
要素 |
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キーワード | rna binding protein/rna / PUF RNA-binding domain / rna binding protein-rna complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mRNA binding / intracellular mRNA localization / regulation of G1 to G0 transition / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of translational initiation / protein-macromolecule adaptor activity / negative regulation of translation / mRNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å | ||||||
データ登録者 | Qiu, C. / Hall, T.M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: RNA regulatory networks diversified through curvature of the PUF protein scaffold. 著者: Wilinski, D. / Qiu, C. / Lapointe, C.P. / Nevil, M. / Campbell, Z.T. / Tanaka Hall, T.M. / Wickens, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5bzu.cif.gz | 171.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5bzu.ent.gz | 135.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5bzu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/5bzu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/5bzu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45310.414 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 201-600 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MPT5, HTR1, PUF5, YGL178W, BIC834 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39016 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3493.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: PEG3350, CBTP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20049 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 42.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5BYM 解像度: 2.501→32.398 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.501→32.398 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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