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- PDB-5b3d: Structure of a flagellar type III secretion chaperone, FlgN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b3d
タイトルStructure of a flagellar type III secretion chaperone, FlgN
要素Flagella synthesis protein FlgN
キーワードPROTEIN TRANSPORT / flagellar type III secretion / export chaperone / four-stranded coiled coil
機能・相同性FlgN-like protein / FlgN-like superfamily / FlgN protein / bacterial-type flagellum assembly / 細胞質 / Flagella synthesis protein FlgN
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nakanishi, Y. / Kinoshita, M. / Namba, K. / Minamino, T. / Imada, K.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15H02386 日本
Japan Society for the Promotion of Science26293097 日本
Japan Society for the Promotion of Science25000013 日本
MEXT23115008 日本
MEXT24117004 日本
MEXT25121718 日本
MEXT15H01640 日本
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2016
タイトル: Rearrangements of alpha-helical structures of FlgN chaperone control the binding affinity for its cognate substrates during flagellar type III export
著者: Kinoshita, M. / Nakanishi, Y. / Furukawa, Y. / Namba, K. / Imada, K. / Minamino, T.
履歴
登録2016年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagella synthesis protein FlgN
B: Flagella synthesis protein FlgN
C: Flagella synthesis protein FlgN
D: Flagella synthesis protein FlgN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5944
ポリマ－64,5944
非ポリマー00
水6,269348
1
A: Flagella synthesis protein FlgN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Flagella synthesis protein FlgN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Flagella synthesis protein FlgN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Flagella synthesis protein FlgN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1481
ポリマ－16,1481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Flagella synthesis protein FlgN
B: Flagella synthesis protein FlgN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2972
ポリマ－32,2972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8190 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
6
C: Flagella synthesis protein FlgN
D: Flagella synthesis protein FlgN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2972
ポリマ－32,2972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7790 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.551, 91.608, 94.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Depositors state that FlgN is in an equilibrium between monomer and dimer in solution and the equilibrium is confirmed by sedimentation equilibrium method.

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要素

#1: タンパク質
Flagella synthesis protein FlgN


分子量: 16148.458 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: flgN, STM1171 / プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1J7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 3-14% (w/v) Glycerol, 0.1 M Tris-HCl pH8.5 and 1.25-1.4M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→42.1 Å / Num. obs: 32802 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→38.231 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1640 5.01 %
Rwork0.2074 --
obs0.209 32734 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 0 348 4047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5295095
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0461463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02580
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002677
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.36770.29651280.23812341X-RAY DIFFRACTION91
2.3677-2.44410.29351320.23212572X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.53140.2571360.22052590X-RAY DIFFRACTION100
2.5314-2.63280.23631360.21592573X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.75260.29791310.23072573X-RAY DIFFRACTION100
2.7526-2.89760.24661400.22142564X-RAY DIFFRACTION100
2.8976-3.07910.26071420.20512595X-RAY DIFFRACTION100
3.0791-3.31670.23251340.20722613X-RAY DIFFRACTION100
3.3167-3.65030.20411330.1872629X-RAY DIFFRACTION100
3.6503-4.17790.23521360.18462623X-RAY DIFFRACTION100
4.1779-5.26150.21291410.19642654X-RAY DIFFRACTION100
5.2615-38.23630.23051510.21712767X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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