[日本語] English
万見
- PDB-5ajk: Crystal structure of variola virus virulence factor F1L in comple... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ajk
タイトルCrystal structure of variola virus virulence factor F1L in complex with human Bak BH3 domain
要素
  • BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
  • HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / BCL-2 (Bcl-2) / POXVIRUS (ポックスウイルス科) / BID
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / : / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus ...host cell mitochondrial outer membrane / Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / : / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / mitochondrial fusion / fibroblast apoptotic process / myeloid cell homeostasis / Bcl-2 family protein complex / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / thymocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of proteolysis / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / vagina development / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / animal organ regeneration / Pyroptosis / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / apoptotic signaling pathway / establishment of localization in cell / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to gamma radiation / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator OPG045
類似検索 - 構成要素
生物種VARIOLA VIRUS (天然痘ウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Kvansakul, M. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Cell Death Dis. / 年: 2015
タイトル: Variola Virus F1L is a Bcl-2-Like Protein that Unlike its Vaccinia Virus Counterpart Inhibits Apoptosis Independent of Bim.
著者: Marshall, B. / Puthalakath, H. / Caria, S. / Chugh, S. / Doerflinger, M. / Colman, P.M. / Kvansakul, M.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Atomic model / Other
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
C: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
D: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
E: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
F: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
G: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
H: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
I: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
J: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
K: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
L: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,45517
ポリマ－135,20712
非ポリマー2485
水1,76598
1
A: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
C: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
D: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1997
ポリマ－45,0694
非ポリマー1303
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-92.2 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
2
E: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
F: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
K: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
L: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1285
ポリマ－45,0694
非ポリマー591
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9770 Å2
ΔGint-92.1 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
3
G: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
H: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
I: HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L
J: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1285
ポリマ－45,0694
非ポリマー591
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-92.7 kcal/mol
Surface area15190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.774, 68.762, 171.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

-
要素

#1: タンパク質
HOMOLOG OF VACCINIA VIRUS CDS F1L


分子量: 19652.309 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 39-201 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VARIOLA VIRUS (天然痘ウイルス)
株: BANGLADESH / 解説: SYNTHETIC CDNA / プラスミド: PGEX-6P3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q85365
#2: タンパク質・ペプチド
BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER / APOPTOSIS REGULATOR BAK / BCL-2-LIKE PROTEIN 7 / BCL2-L-7


分子量: 2882.151 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 67-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q16611
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2 / 詳細: 1.7 M MGSO4, 0.1 M NA-ACETATE PH 5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→40 Å / Num. obs: 45043 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 52.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル最高解像度: 2.55 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4D2M

4d2m


解像度: 2.55→39.702 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 2293 5.1 %
Rwork0.1968 --
obs0.199 44915 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.702 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7935 0 14 98 8047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038060
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5710875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4883048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.60540.31511610.27892630X-RAY DIFFRACTION100
2.6054-2.6660.30121180.2722635X-RAY DIFFRACTION100
2.666-2.73270.32431530.26152637X-RAY DIFFRACTION100
2.7327-2.80660.31181420.24782654X-RAY DIFFRACTION100
2.8066-2.88910.28691580.24412637X-RAY DIFFRACTION100
2.8891-2.98230.30521270.24492670X-RAY DIFFRACTION100
2.9823-3.08890.32921220.23612680X-RAY DIFFRACTION100
3.0889-3.21250.27831440.23182641X-RAY DIFFRACTION100
3.2125-3.35870.27691390.2192672X-RAY DIFFRACTION100
3.3587-3.53560.23581610.21252639X-RAY DIFFRACTION100
3.5356-3.7570.22021550.20422629X-RAY DIFFRACTION98
3.757-4.04680.20811480.16942668X-RAY DIFFRACTION100
4.0468-4.45360.2091270.15482692X-RAY DIFFRACTION100
4.4536-5.09690.21281380.15752689X-RAY DIFFRACTION100
5.0969-6.41710.25441520.2092715X-RAY DIFFRACTION100
6.4171-39.70670.20091480.172734X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.67850.9561.00773.89630.87643.63290.24860.14810.23190.2464-0.69350.6298-0.4349-0.60.30430.5630.05960.15540.8099-0.16520.5424-10.954228.431868.4568
23.848-0.7541-0.00465.60511.70552.682-0.10680.2315-0.31110.0202-0.15570.70950.1809-0.39370.22070.3886-0.03560.01550.4131-0.06340.4404-6.999330.840451.8023
36.57931.59560.35651.4221-0.55171.01360.48161.0812-0.1457-0.0627-0.04360.13240.09510.2991-0.21710.47620.0420.03790.4604-0.12980.5501-2.674211.819138.301
44.0712-0.1468-1.17194.37953.12976.3417-0.1162-0.37880.9741-0.1187-0.40350.8594-1.0113-0.61470.24880.49030.0068-0.00340.673-0.15270.7113-22.66079.890647.3791
50.32150.13780.00281.26990.85751.3930.151-1.1485-0.1481.32950.0406-0.064-0.2145-0.63820.26150.9101-0.1036-0.01640.81850.05490.5233-12.9833.973258.242
62.70020.7495-0.06284.44841.38993.62490.2361-0.0082-0.40640.0478-0.0255-0.20890.36870.0462-0.27030.3403-0.0128-0.06910.3408-0.06020.4372-6.92557.898949.2044
78.0065-1.0772-2.17025.71131.2593.15940.1881-0.3582-1.26150.0649-0.72070.20170.3057-0.57790.32990.5717-0.0355-0.04040.3755-0.02180.569-17.33720.00544.1776
82.6134-0.57750.48134.49181.05062.120.2395-0.27810.0351-0.21290.0536-0.42560.05550.3504-0.18310.4005-0.0340.04080.5004-0.0430.54860.263216.708147.8329
92.48740.69050.23861.91780.40072.39660.0473-0.23620.05020.0058-0.07280.0269-0.11850.250.00240.384-0.04210.04180.4195-0.08270.47220.753336.539458.589
107.9157-3.97313.87519.231-6.13248.5341-0.1966-0.39140.84240.4633-0.277-1.14-0.3697-0.03660.40310.4855-0.13460.05760.5952-0.13580.61068.482644.867463.1522
113.91950.22060.91893.66010.36212.59560.22682.01850.2183-0.628-0.5272-0.2302-0.08960.93010.46810.59920.07010.0361.57690.11860.9687-36.630825.583845.3083
122.908-0.84942.15561.1875-0.89532.8309-0.30650.27550.35170.0706-0.0928-0.0172-0.21190.16950.36890.44850.018-0.00840.66620.05070.5868-48.489733.502564.3664
134.79880.16851.45810.7876-1.09055.5773-0.38660.4870.0017-0.25480.2629-0.0067-0.44781.34110.00560.4817-0.03250.05080.8848-0.04250.5027-30.306920.583770.7574
141.351-0.98880.69292.06981.98096.1057-0.06450.1008-1.15840.17880.0826-0.13490.89230.8885-0.1460.62440.0558-0.02890.7917-0.01460.6648-41.941911.331670.8868
153.9178-0.94441.16283.3421-1.05465.07890.0312-0.2346-0.34140.0829-0.1190.10540.16060.2025-0.00250.33340.0037-0.02160.58450.01690.3406-45.536620.821772.6427
166.2737-2.6142-3.49095.47213.64087.7143-0.4043-1.0286-0.64880.12960.40550.42760.40041.4608-0.10450.42540.0671-0.04960.77810.13020.4676-35.568518.95281.6742
174.3042-0.1258-0.28794.83980.33922.68940.27820.54750.5676-0.1028-0.0218-0.5409-0.19460.557-0.19830.52210.08850.1060.50420.06720.58522.083737.848430.154
184.8603-1.5397-0.45282.8912-0.91852.4212-0.0393-0.6949-0.3461-0.0367-0.1894-0.13660.00930.21330.17240.50890.08020.03640.4849-0.10790.46844.88816.047125.8516
191.53040.85770.7120.86710.53231.5303-0.0471.78050.1368-0.83690.4791-0.18260.10640.788-0.02450.9290.28990.08390.96350.12050.60447.623321.03638.641
203.1802-0.4928-1.07845.7833-0.39953.53480.12230.569-0.0335-0.7065-0.05160.1134-0.0379-0.17110.05340.58050.18320.0330.4295-0.01350.51051.644218.492117.9101
217.37212.6811-1.31469.2509-3.62497.04340.019-0.0555-0.5739-0.3875-0.3788-0.72170.24650.3552-0.15240.57030.20390.09610.56560.00480.451511.56299.032516.7235
222.27790.1801-0.07854.40122.40323.51860.1733-0.00390.5118-0.3919-0.59980.7605-0.154-0.65210.30850.55380.1198-0.02630.5657-0.030.6833-5.267624.120324.5754
234.7-0.261-0.48182.81490.47133.45650.1501-0.67040.1777-0.1634-0.00530.6668-0.2931-0.557-0.20190.64180.0292-0.03110.30230.03910.7759-8.993643.883234.2228
243.88021.25490.40472.26140.98583.1350.55630.89110.8884-0.83170.00140.1529-0.5385-0.47860.05521.13740.25810.13750.61970.23430.6608-8.321952.35219.1551
254.2996-1.6771-0.35153.84231.82715.5670.40990.18940.3664-0.8062-0.3228-0.0267-0.7422-0.0716-0.15930.69510.13840.08250.42290.10820.6166-4.063545.922427.3833
263.1411.5007-1.01615.27090.55085.32590.84020.00970.68760.0168-0.45250.68060.5777-0.6225-0.1560.95930.19020.03550.6623-0.05531.3232-14.849855.177929.8979
270.3922-0.08291.51460.0846-0.78178.9458-0.04450.12930.0921-0.3729-0.01980.55991.0174-0.9452-0.19730.73120.0849-0.02111.31610.1720.998-64.422824.508565.2951
283.2886-0.91792.95920.2476-1.14953.6552-0.26460.41170.74920.1084-0.1866-0.0005-0.55150.44050.22270.5242-0.0688-0.06060.64160.1370.584-51.204135.347755.9687
292.5276-1.5406-0.02833.6552-0.84021.48920.97221.691-1.5102-0.8676-0.76420.75461.38110.8322-0.34530.76580.3606-0.20261.1501-0.22270.8257-55.22622.833240.261
302.7615-0.28531.57752.1905-0.46353.11750.09551.85640.6355-0.3792-0.3261-0.29240.20850.89530.1160.37940.0749-0.02141.13830.31340.5767-49.420132.606444.0864
313.4615-0.30470.3483.5752-0.3114.4984-0.37351.49350.6938-0.64070.3314-0.4982-0.11871.52860.02740.4284-0.024-0.05451.41070.36570.5808-59.44737.491636.0921
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 46 THROUGH 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 66 THROUGH 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 97 THROUGH 118 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 119 THROUGH 132 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 133 THROUGH 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 150 THROUGH 201 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 68 THROUGH 90 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'C' AND (RESID 63 THROUGH 96 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'C' AND (RESID 97 THROUGH 201 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'D' AND (RESID 68 THROUGH 90 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'E' AND (RESID 47 THROUGH 72 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'E' AND (RESID 73 THROUGH 118 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'E' AND (RESID 119 THROUGH 136 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'E' AND (RESID 137 THROUGH 148 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'E' AND (RESID 149 THROUGH 201 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'F' AND (RESID 68 THROUGH 90 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'G' AND (RESID 64 THROUGH 96 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'G' AND (RESID 97 THROUGH 132 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'G' AND (RESID 133 THROUGH 149 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'G' AND (RESID 150 THROUGH 200 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'H' AND (RESID 68 THROUGH 90 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'I' AND (RESID 65 THROUGH 96 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'I' AND (RESID 97 THROUGH 131 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'I' AND (RESID 132 THROUGH 153 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'I' AND (RESID 154 THROUGH 201 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'J' AND (RESID 68 THROUGH 90 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'K' AND (RESID 64 THROUGH 72 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'K' AND (RESID 73 THROUGH 131 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'K' AND (RESID 132 THROUGH 148 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'K' AND (RESID 149 THROUGH 201 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'L' AND (RESID 69 THROUGH 90 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る