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- PDB-5aca: Structure-based energetics of protein interfaces guide Foot-and-M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aca
タイトルStructure-based energetics of protein interfaces guide Foot-and-Mouth disease virus vaccine design
要素
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS (ウイルス) / VACCINE (ワクチン) / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS (口蹄疫ウイルス) / FMDV (口蹄疫ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ペプチダーゼ / icosahedral viral capsid / modulation by virus of host chromatin organization / RNA-protein covalent cross-linking / : / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / : ...L-ペプチダーゼ / icosahedral viral capsid / modulation by virus of host chromatin organization / RNA-protein covalent cross-linking / : / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / regulation of translation / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / virion attachment to host cell / RNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 ...Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4 / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Jelly Rolls - #20 / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Viral coat protein subunit / Few Secondary Structures / イレギュラー / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / サンドイッチ / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (口蹄疫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kotecha, A. / Seago, J. / Scott, K. / Burman, A. / Loureiro, S. / Ren, J. / Porta, C. / Ginn, H.M. / Jackson, T. / Perez-Martin, E. ...Kotecha, A. / Seago, J. / Scott, K. / Burman, A. / Loureiro, S. / Ren, J. / Porta, C. / Ginn, H.M. / Jackson, T. / Perez-Martin, E. / Siebert, C.A. / Paul, G. / Huiskonen, J.T. / Jones, I.M. / Esnouf, R.M. / Fry, E.E. / Maree, F.F. / Charleston, B. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: Structure-based energetics of protein interfaces guides foot-and-mouth disease virus vaccine design.
著者: Abhay Kotecha / Julian Seago / Katherine Scott / Alison Burman / Silvia Loureiro / Jingshan Ren / Claudine Porta / Helen M Ginn / Terry Jackson / Eva Perez-Martin / C Alistair Siebert / ...著者: Abhay Kotecha / Julian Seago / Katherine Scott / Alison Burman / Silvia Loureiro / Jingshan Ren / Claudine Porta / Helen M Ginn / Terry Jackson / Eva Perez-Martin / C Alistair Siebert / Guntram Paul / Juha T Huiskonen / Ian M Jones / Robert M Esnouf / Elizabeth E Fry / Francois F Maree / Bryan Charleston / David I Stuart /
要旨: Virus capsids are primed for disassembly, yet capsid integrity is key to generating a protective immune response. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) capsids comprise identical pentameric protein ...Virus capsids are primed for disassembly, yet capsid integrity is key to generating a protective immune response. Foot-and-mouth disease virus (FMDV) capsids comprise identical pentameric protein subunits held together by tenuous noncovalent interactions and are often unstable. Chemically inactivated or recombinant empty capsids, which could form the basis of future vaccines, are even less stable than live virus. Here we devised a computational method to assess the relative stability of protein-protein interfaces and used it to design improved candidate vaccines for two poorly stable, but globally important, serotypes of FMDV: O and SAT2. We used a restrained molecular dynamics strategy to rank mutations predicted to strengthen the pentamer interfaces and applied the results to produce stabilized capsids. Structural analyses and stability assays confirmed the predictions, and vaccinated animals generated improved neutralizing-antibody responses to stabilized particles compared to parental viruses and wild-type capsids.
履歴
登録2015年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-3130
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3130
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: VP1
2: VP2
3: VP3
4: VP4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8434
ポリマ－80,8434
非ポリマー00
水0
1
1: VP1
2: VP2
3: VP3
4: VP4
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,850,568240
ポリマ－4,850,568240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
1: VP1
2: VP2
3: VP3
4: VP4
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 404 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,21420
ポリマ－404,21420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
1: VP1
2: VP2
3: VP3
4: VP4
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 485 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)485,05724
ポリマ－485,05724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 24160.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21
発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ゴールデンハムスター)
参照: UniProt: Q1L764, UniProt: Q719N0*PLUS
#2: タンパク質 VP2


分子量: 23226.023 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FMDV SAT2 SEROTYPE WITH A MUTATION AT VP2 S93Y
由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21
発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ゴールデンハムスター)
参照: UniProt: Q1L764, UniProt: Q719N0*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 24620.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21
発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ゴールデンハムスター)
参照: UniProt: Q1L764
#4: タンパク質 VP4


分子量: 8836.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS - TYPE SAT 2 (口蹄疫ウイルス)
細胞株 (発現宿主): BHK-21
発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ゴールデンハムスター)
参照: UniProt: Q1L764
配列の詳細VP2 S93Y

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: INACTIVATED FMDV SAT2 PARTICLE, STABILISED MUTANT / タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 50MM HEPES PH 8.0, 200 MM NACL / pH: 8 / 詳細: 50MM HEPES PH 8.0, 200 MM NACL
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 70, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2014年5月11日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 160000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 628

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: PROJECTION MATCHING / 解像度: 3.5 Å / 粒子像の数: 8156 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.35 Å / 倍率補正: CROSS- -CORRELATION AGAINST ATOMIC MODEL
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3130. (DEPOSITION ID: 13687).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: METHOD--LOCAL CORRELATION FOLLOWED BY RIGIDBODY AND REAL SPACE REFINEMENT REFINEMENT PROTOCOL--CRYOEM
精密化最高解像度: 3.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5244 0 0 0 5244

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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