+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a9a | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Simulium ubiquitum CPV20 polyhedra | ||||||
要素 | POLYHEDRIN | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / INSECT VIRUS OCCLUSION BODY / MICROCRYSTAL | ||||||
機能・相同性 | Cypovirus polyhedrin / Cypovirus polyhedrin / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Polyhedrin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SIMULIUM UBIQUITUM CYPOVIRUS (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.822 Å | ||||||
データ登録者 | Ji, X. / Axford, D. / Owen, R. / Evans, G. / Ginn, H.M. / Sutton, G. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015 タイトル: Polyhedra Structures and the Evolution of the Insect Viruses. 著者: Ji, X. / Axford, D. / Owen, R. / Evans, G. / Ginn, H.M. / Sutton, G. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a9a.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5a9a.ent.gz | 49.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a9a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/5a9a | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28195.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SIMULIUM UBIQUITUM CYPOVIRUS (ウイルス) 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q0MX25 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-UTP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 51 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.6 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→51.7 Å / Num. obs: 16582 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.34 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MODELS OF POLYHEDRA STRUCTURE OF CPV5, CPV4, CPV1, CPV14, CPV15 AND CPV19 解像度: 1.822→42.197 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.791 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.822→42.197 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|