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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5a3b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ADP-ribosylating sirtuin (SirTM) from Streptococcus pyogenes in complex with ADP-ribose | ||||||
要素 | SIR2 FAMILY PROTEIN | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / METALLOPROTEIN (金属タンパク質) / NAD-DEPENDENT / LIPOYLATION (Α-リポ酸) / REGULATORY ENZYME / ROSSMANN FOLD (ロスマンフォールド) / ZINC BINDING (亜鉛) / ROS DEFENSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Rack, J.G.M. / Morra, R. / Barkauskaite, E. / Kraehenbuehl, R. / Ariza, A. / Qu, Y. / Ortmayer, M. / Leidecker, O. / Cameron, D.R. / Matic, I. ...Rack, J.G.M. / Morra, R. / Barkauskaite, E. / Kraehenbuehl, R. / Ariza, A. / Qu, Y. / Ortmayer, M. / Leidecker, O. / Cameron, D.R. / Matic, I. / Peleg, A.Y. / Leys, D. / Traven, A. / Ahel, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015 タイトル: Identification of a Class of Protein Adp-Ribosylating Sirtuins in Microbial Pathogens. 著者: Rack, J.G. / Morra, R. / Barkauskaite, E. / Kraehenbuehl, R. / Ariza, A. / Qu, Y. / Ortmayer, M. / Leidecker, O. / Cameron, D.R. / Matic, I. / Peleg, A.Y. / Leys, D. / Traven, A. / Ahel, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5a3b.cif.gz | 77.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5a3b.ent.gz | 60.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5a3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/5a3b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35156.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌) 株: MANFREDO / Variant: SEROTYPE M5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: Q1JGN6, NAD+ ADP-ribosyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 254分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ALA / | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | ChemComp-APR / | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | N-TERMINAL RESIDUES (MGHHHHHHGG |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 % 解説: SAD DATA NOT DEPOSITED. SAD STRUCTURE WAS USED TO SUBSEQUENTLY SOLVE NATIVE STRUCTURES VIA MOLECULAR REPLACEMENT. |
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結晶化 | pH: 8 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 0.1 M AMINO ACIDS, 0.1 M BUFFER SYSTEM 1 (PH 6.5), 30.00% (V/V) EDO_P8K (THESE ARE COMPONENTS OF THE MORPHEUS SCREEN FROM MOLECULAR DIMENSIONS) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月3日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→29.35 Å / Num. obs: 19940 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 88.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→50.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 3.643 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS AND U VALUES WERE REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.412 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50.39 Å
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拘束条件 |
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