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- PDB-4zqk: Structure of the complex of human programmed death-1 (PD-1) and i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zqk
タイトルStructure of the complex of human programmed death-1 (PD-1) and its ligand PD-L1.
要素
  • Programmed cell death 1 ligand 1
  • Programmed cell death protein 1PD-1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / complex / co-stimulation (共刺激) / receptor-ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / positive regulation of tolerance induction to tumor cell / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / 液性免疫 / negative regulation of type II interferon production / PD-1 signaling / regulation of immune response / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / recycling endosome membrane / マイクロフィラメント / early endosome membrane / cellular response to lipopolysaccharide / Potential therapeutics for SARS / 獲得免疫系 / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / 免疫応答 / external side of plasma membrane / apoptotic process / シグナル伝達 / extracellular exosome / 核質 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...PD-1 / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PD-1 / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zak, K.M. / Dubin, G. / Holak, T.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of the Complex of Human Programmed Death 1, PD-1, and Its Ligand PD-L1.
著者: Zak, K.M. / Kitel, R. / Przetocka, S. / Golik, P. / Guzik, K. / Musielak, B. / Domling, A. / Dubin, G. / Holak, T.A.
履歴
登録2015年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3863
ポリマ－26,3632
非ポリマー231
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.862, 70.862, 114.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 13134.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 13228.716 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP Residues 33-150 / Mutation: C93S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15116
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 1.84 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91843 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→61.37 Å / Num. obs: 12737 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 35.22
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 5.21 / % possible all: 99.92

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: chain A -3BIK, chain B 3RRQ

3bik

3rrq


解像度: 2.45→61.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2392 / WRfactor Rwork: 0.2009 / FOM work R set: 0.8095 / SU B: 16.316 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.2862 / SU Rfree: 0.2339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2527 625 4.9 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.2092 12082 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.62 Å2 / Biso mean: 57.568 Å2 / Biso min: 31.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å2-0.36 Å2-0 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3---2.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→61.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 1 15 1666
Biso mean--50.06 59.49 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7681.9512296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8633514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.675218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54424.92567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.36615254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.728155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2314.015881
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2334.015880
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8856.0111096
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 49 -
Rwork0.225 863 -
all-912 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.12471.15810.45261.9953-0.26081.5961-0.13160.00090.0248-0.1420.04720.0077-0.0151-0.05670.08440.2385-0.0829-0.01510.03940.01020.0139-9.754145.1745114.2792
22.353-0.1853-0.75613.211.67452.4375-0.01950.1309-0.11840.2490.0563-0.10490.35380.5131-0.03680.16110.0465-0.05630.2330.0150.043311.871250.2693104.1425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 132
2X-RAY DIFFRACTION2B33 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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