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- PDB-4zdk: Crystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zdk
タイトルCrystal structure of the M. tuberculosis CTP synthase PyrG in complex with UTP, AMP-PCP and oxonorleucine
要素CTP synthaseCTP synthetase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / CTP synthase / PyrG / amidotransferase / UTP / AMP-PCP / 5-oxo-L-norleucine
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding ...CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / glutaminase activity / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / 5-OXO-L-NORLEUCINE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / CTP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.49 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Barilone, N. / Alzari, P.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European CommissionHEALTH-F3-2011-260872 フランス
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Thiophenecarboxamide Derivatives Activated by EthA Kill Mycobacterium tuberculosis by Inhibiting the CTP Synthetase PyrG.
著者: Mori, G. / Chiarelli, L.R. / Esposito, M. / Makarov, V. / Bellinzoni, M. / Hartkoorn, R.C. / Degiacomi, G. / Boldrin, F. / Ekins, S. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Marino, L.B. / Centarova, ...著者: Mori, G. / Chiarelli, L.R. / Esposito, M. / Makarov, V. / Bellinzoni, M. / Hartkoorn, R.C. / Degiacomi, G. / Boldrin, F. / Ekins, S. / de Jesus Lopes Ribeiro, A.L. / Marino, L.B. / Centarova, I. / Svetlikova, Z. / Blasko, J. / Kazakova, E. / Lepioshkin, A. / Barilone, N. / Zanoni, G. / Porta, A. / Fondi, M. / Fani, R. / Baulard, A.R. / Mikusova, K. / Alzari, P.M. / Manganelli, R. / de Carvalho, L.P. / Riccardi, G. / Cole, S.T. / Pasca, M.R.
履歴
登録2015年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTP synthase
B: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,74510
ポリマ－127,4282
非ポリマー2,3188
水0
1
B: CTP synthase
ヘテロ分子

A: CTP synthase
ヘテロ分子

B: CTP synthase
ヘテロ分子

A: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,49120
ポリマ－254,8564
非ポリマー4,63516
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x+1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation6_645-x+1,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
2
A: CTP synthase
ヘテロ分子

A: CTP synthase
ヘテロ分子

B: CTP synthase
ヘテロ分子

B: CTP synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,49120
ポリマ－254,8564
非ポリマー4,63516
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545-x,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
Buried area16860 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area72120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.732, 194.724, 207.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 CTP synthase / CTP synthetase / CTP synthetase / UTP--ammonia ligase


分子量: 63713.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: pyrG, Rv1699, MTCI125.21 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WHK7, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-ONL / 5-OXO-L-NORLEUCINE / 5-オキソ-L-ノルロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 145.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / ウリジン三リン酸


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 30% PEG2000 MME, 100 mM bicine pH 9.0, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.49→48.68 Å / Num. obs: 31727 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 124.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 3.49→3.67 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1.128 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZDJ

4zdj


解像度: 3.49→48.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9361 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9403 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 2.937 / SU Rfree Blow DPI: 0.364
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 1598 5.04 %RANDOM
Rwork0.2028 ---
obs0.2034 31682 99.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 143.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.7546 Å20 Å20 Å2
2--12.7356 Å20 Å2
3----29.4902 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.968 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.49→48.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7844 0 142 0 7986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0111169HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3623SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes168HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1280HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8161HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1102SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9294SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.49→3.6 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3039 139 4.83 %
Rwork0.2497 2740 -
all0.2522 2879 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.36910.2430.23372.39030.11732.0906-0.4307-0.2351-0.3053-0.1983-0.038-0.25490.18670.15770.4688-0.1254-0.16090.0104-0.14750.26250.099316.3374-40.6874-21.1395
24.85461.1190.83030.8666-2.00250.9013-0.0517-0.0840.0035-0.0345-0.0172-0.06350.06510.28710.06890.086-0.247-0.1338-0.04890.3040.158434.7802-25.2887-20.8782
32.4058-0.59450.3954.2179-1.04593.12250.11140.0156-0.1539-0.2951-0.1921-0.05750.0153-0.22180.0807-0.072-0.1003-0.0048-0.15810.11880.011317.6467-15.4654-45.2655
42.5093-0.735-0.36073.43130.06482.4727-0.05330.28550.59050.0239-0.2494-0.7796-0.21920.90530.3028-0.514-0.0288-0.21350.30590.21420.07669.7192-33.0392-6.6504
52.41493.94330.072.711-0.01710-0.00480.00450.0365-0.02360.0236-0.0386-0.03480.1119-0.0188-0.2096-0.295-0.27550.10710.17320.241376.7804-9.6511-6.3077
63.57-1.5910.96954.5855-2.01783.7350.13480.5310.5729-0.5517-0.3389-0.1518-0.39380.48870.204-0.3313-0.1855-0.0791-0.03410.3040.07357.1582-11.1595-30.6806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|7 - A|278 X|1 X|3 X|5 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|279 - A|298 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|299 - A|601 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|7 - B|278 X|2 X|4 X|6 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|279 - B|298 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|299 - B|601 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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