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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y2x | ||||||
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タイトル | Structure of soluble epoxide hydrolase in complex with 2-({[2-(adamantan-1-yl)ethyl]amino}methyl)phenol | ||||||
要素 | Bifunctional epoxide hydrolase 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / hydrolase (加水分解酵素) / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / epoxide metabolic process / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) / epoxide hydrolase activity / regulation of cholesterol metabolic process / phosphatase activity / peroxisomal matrix / toxic substance binding / 脱リン酸化 / cholesterol homeostasis / Peroxisomal protein import / response to toxic substance / ペルオキシソーム / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Amano, Y. / Yamaguchi, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015 タイトル: Identification of N-ethylmethylamine as a novel scaffold for inhibitors of soluble epoxide hydrolase by crystallographic fragment screening 著者: Amano, Y. / Tanabe, E. / Yamaguchi, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y2x.cif.gz | 121.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y2x.ent.gz | 93.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y2x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/4y2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y2/4y2x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63514.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-4A0 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Potassium phosphate, Ammonium dihydrogen phosphate, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 21937 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 2.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1S8O 解像度: 2.5→80.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 11.485 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.326 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.869 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.5→80.31 Å
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拘束条件 |
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