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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xva | |||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of wild type cytochrome c peroxidase | |||||||||||||||
要素 | Cytochrome c peroxidase, mitochondrialシトクロムcペルオキシダーゼ | |||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Model system / flexibility (剛性) / thermodynamics (熱力学) / cryptic site / transient protein sites / ligand binding (リガンド) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcペルオキシダーゼ / cytochrome-c peroxidase activity / peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / ミトコンドリア / cellular response to oxidative stress / ミトコンドリアマトリックス / heme binding / ミトコンドリア / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Fischer, M. / Fraser, J.S. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015 タイトル: One Crystal, Two Temperatures: Cryocooling Penalties Alter Ligand Binding to Transient Protein Sites. 著者: Fischer, M. / Shoichet, B.K. / Fraser, J.S. #1: ジャーナル: Nat Chem / 年: 2014 タイトル: Incorporation of protein flexibility and conformational energy penalties in docking screens to improve ligand discovery. 著者: Fischer, M. / Coleman, R.G. / Fraser, J.S. / Shoichet, B.K. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xva.cif.gz | 252 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xva.ent.gz | 206.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xva.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/4xva | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33470.137 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 69-361 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P00431, シトクロムcペルオキシダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.65 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Compound soaked into crystal grown in equal volume of 500mM MES buffer and 25% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU DUAL DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→92.63 Å / Num. obs: 47484 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 52.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.73 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.701 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→92.63 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→92.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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