PDB-4xti: Structure of IMP dehydrogenase of Ashbya gossypii with IMP bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xti

タイトル

Structure of IMP dehydrogenase of Ashbya gossypii with IMP bound to the active site

要素

Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

IMP dehydrogenase (IMPデヒドロゲナーゼ) / IMP

機能・相同性

機能・相同性情報

IMP dehydrogenase activity /

IMPデヒドロゲナーゼ / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process /

nucleotide binding /

metal ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Ashbya gossypii ATCC 10895 (菌類)

Ashbya gossypii (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Balsera, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

引用

ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Increased riboflavin production by manipulation of inosine 5'-monophosphate dehydrogenase in Ashbya gossypii.
著者: Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Balsera, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L.

履歴

登録	2015年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xti.cif.gz	401.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xti.ent.gz	332.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xti.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xti	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xtdC 4xwuC 4avfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xtd-2 4z0g-1 4my9-1 4my1-2 1jr1-2 5uuz-2 4fo4-2 4xtd-1 4z0g-2 5urr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

89.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.775, 117.775, 56.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

#1: タンパク質	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase,Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH / IMP dehydrogenase / IMPDH / IMP dehydrogenase / IMPDH 分子量: 44528.555 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 11-119,UNP residues 236-522 変異: The whole CBS domain (residuoes 120-235) has been replaced by the sequence stretch SQDG. All residues numbered according to the full-length wild type protein. 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IMP bound to the active site 由来: (組換発現) Ashbya gossypii ATCC 10895 (菌類), (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類) 遺伝子: AGOS_AER117W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMPデヒドロゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-IMP / INOSINIC ACID / IMP / イノシン酸分子量: 348.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₄O₈P
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% (v/v) 1,2 propanediol, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 5% (w/v) PEG-3000, 10% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.88 Å / Num. obs: 124507 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / R_merge(I) obs: 0.0898 / Net I/σ(I): 15.15
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 11.75 % / R_merge(I) obs: 1.467 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / CC_1/2: 0.655 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1839)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4AVF

4avf

解像度: 1.5→46.884 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1778	6129	4.92 %
R_work	0.1558	-	-
obs	0.1614	124497	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→46.884 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5425	0	48	415	5888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.641	7547
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.548	1923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	960

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5004-1.5262	0.3151	323	0.2968	5842	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5262-1.554	0.2854	308	0.2675	5859	X-RAY DIFFRACTION	95
1.554-1.5839	0.2602	333	0.2615	5851	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5839-1.6162	0.266	282	0.2534	5961	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6162-1.6513	0.2305	287	0.2305	5873	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6513-1.6897	0.2132	283	0.2244	5884	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6897-1.732	0.2323	302	0.2199	5892	X-RAY DIFFRACTION	95
1.732-1.7788	0.2047	300	0.2038	5909	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7788-1.8311	0.223	291	0.2	5929	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8311-1.8902	0.2208	279	0.2029	5911	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8902-1.9578	0.1857	294	0.1976	5907	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9578-2.0361	0.2058	323	0.1881	5887	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0361-2.1288	0.2004	322	0.1814	5851	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1288-2.241	0.1703	334	0.1737	5891	X-RAY DIFFRACTION	95
2.241-2.3813	0.1752	337	0.1658	5901	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3813-2.5651	0.1785	339	0.1577	5901	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5651-2.823	0.1521	273	0.1529	5966	X-RAY DIFFRACTION	96
2.823-3.231	0.1814	268	0.1457	5979	X-RAY DIFFRACTION	96
3.231-4.0688	0.1537	302	0.1252	6007	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0688-28.3124	0.167	349	0.1274	6074	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3439	0.2144	-0.101	0.2104	0.0474	0.1969	-0.1299	-0.218	0.1127	0.3456	0.0934	-0.0628	-0.0604	0.0397	0.0001	0.2894	0.0169	-0.0199	0.2783	-0.0106	0.1719	57.3587	154.9576	-13.1981
2	0.5262	0.0226	0.0863	0.4782	0.0469	0.3463	-0.0179	0.0864	-0.0582	-0.0851	0.0243	0.0653	-0.0216	-0.0453	0	0.1878	-0.0097	-0.0038	0.201	-0.0015	0.1599	29.489	160.4133	-35.3336
3	0.2286	0.0953	0.0321	0.0713	-0.0903	0.3442	-0.0456	0.0503	0.0191	-0.0452	0.0447	0.1691	0.0044	-0.0961	0.0001	0.2203	-0.0063	-0.0306	0.2485	-0.0027	0.2453	15.6429	164.5315	-36.1551
4	0.0552	0.0147	-0.0028	0.0352	0.0632	0.132	0.0222	0.0447	0.0322	0.0027	-0.0481	0.2385	-0.0163	-0.1448	-0	0.2012	0.0148	0.0012	0.2242	-0.0103	0.233	18.755	174.873	-27.7206
5	0.6726	-0.2506	0.0704	0.8431	0.1382	0.5165	-0.0064	-0.0456	-0.0235	0.0281	0.0044	0.0308	-0.032	0.0156	0	0.1776	-0.0037	-0.0029	0.1685	0.0013	0.1466	33.2693	170.6144	-26.0979
6	0.1884	0.1897	-0.0508	0.1913	-0.0606	0.2584	-0.0398	0.2244	0.0069	-0.1727	-0.0018	-0.0001	-0.0347	-0.0113	0	0.2749	-0.0209	-0.0123	0.303	0.0018	0.2126	34.3628	172.0526	-49.0121
7	0.2912	0.0637	-0.0629	0.1852	0.0002	0.0701	0.006	-0.0664	0.0117	0.0232	0.0046	0.0388	-0.0768	-0.0078	-0	0.2068	0.0028	-0.0047	0.2051	-0.0032	0.1643	40.2903	152.66	-28.9041
8	0.183	-0.0446	-0.0225	0.1344	0.0833	0.0517	0.0855	0.1192	0.0713	-0.0591	-0.0056	0.0288	-0.0747	-0.1363	-0	0.2417	0.0146	-0.012	0.2522	0.0261	0.2331	55.7135	161.7462	-34.4113
9	0.9005	-0.43	-0.0406	0.5545	-0.0135	0.1995	-0.0142	0.0319	0.1003	0.0236	0.0151	-0.0706	-0.0052	0.0001	0	0.2043	-0.0129	-0.0168	0.1869	0.0008	0.1529	7.8016	144.2428	-16.1975
10	0.1988	-0.2106	-0.121	0.2947	-0.0166	0.366	0.0075	0.0253	0.1742	0.0398	0.0231	-0.0033	-0.1462	0.0074	-0	0.2493	0.0233	-0.017	0.2199	-0.03	0.237	-8.6154	161.8485	-9.1246
11	0.1271	-0.0404	-0.1145	0.1302	0.0573	0.1069	-0.039	0.0699	0.1224	0.0029	0.0664	-0.0895	-0.0658	-0.0293	-0	0.2019	0.0162	-0.0235	0.1919	0.0023	0.2046	-14.8536	155.3155	-17.6552
12	0.9331	-0.0031	-0.0164	0.5985	0.2632	0.6643	-0.0188	0.0097	0.0327	-0.0348	0.0103	-0.0487	0.0193	-0.0425	0	0.1759	0.0003	-0.0041	0.1713	0.0009	0.1401	-4.9696	143.5972	-18.9458
13	0.0971	0.0094	-0.07	0.2832	-0.0405	0.1672	-0.0558	-0.2348	0.0007	0.1715	0.0477	0.0081	-0.014	-0.0573	0.0001	0.304	0.0129	-0.0096	0.2999	-0.0004	0.2089	-5.6288	142.3381	3.9173
14	0.0522	-0.0456	0.0265	0.0411	-0.0178	0.037	-0.0519	-0.1621	0.0064	0.1441	0.0615	-0.0353	0.0512	0.132	-0	0.231	0.0003	-0.0166	0.2266	-0.0188	0.2244	14.7738	144.7154	-9.4414
15	0.3879	-0.2057	0.0827	0.4043	0.1667	0.1676	-0.0162	-0.0742	-0.0171	0.0611	0.0005	0.0144	0.0228	0.0023	0.0001	0.2231	-0.0095	-0.0076	0.2435	0.0003	0.2234	12.6608	132.8296	-15.6836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 114 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 115 through 268 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 269 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 297 through 389 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 390 through 459 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 460 through 492 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 493 through 521 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 114 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 115 through 268 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 269 through 296 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 297 through 389 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 390 through 459 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 460 through 478 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 479 through 521 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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