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- PDB-4xh2: Crystal structure of human paxillin LD4 motif in complex with Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xh2
タイトルCrystal structure of human paxillin LD4 motif in complex with Fab fragment
要素
  • Fab Heavy ChainFragment antigen-binding
  • Fab Light ChainFragment antigen-binding
  • paxillin LD4
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / synthetic antibody / paxillin / LD motif / immunoglobulin (抗体) / Fab fragment / complex / focal adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / neuropilin binding / signal complex assembly / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / endothelial cell migration / GAB1 signalosome ...Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / vinculin binding / neuropilin binding / signal complex assembly / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / endothelial cell migration / GAB1 signalosome / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / beta-catenin binding / cellular response to reactive oxygen species / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell junction / 遊走 / lamellipodium / 細胞皮質 / protein phosphatase binding / 細胞接着 / focal adhesion / シグナル伝達 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Paxillin / : / : / Paxillin family / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / 抗体 ...Paxillin / : / : / Paxillin family / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アセチル基 / 酢酸塩 / リン酸塩 / Paxillin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nocula-Lugowska, M. / Lugowski, M. / Salgia, R. / Kossiakoff, A.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Engineering Synthetic Antibody Inhibitors Specific for LD2 or LD4 Motifs of Paxillin.
著者: Nocula-Lugowska, M. / Lugowski, M. / Salgia, R. / Kossiakoff, A.A.
履歴
登録2015年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22017年5月31日Group: Other
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: Fab Heavy Chain
D: Fab Light Chain
E: Fab Heavy Chain
F: Fab Light Chain
G: Fab Heavy Chain
H: Fab Heavy Chain
I: Fab Light Chain
J: Fab Heavy Chain
K: Fab Light Chain
L: Fab Light Chain
a: paxillin LD4
c: paxillin LD4
e: paxillin LD4
g: paxillin LD4
h: paxillin LD4
j: paxillin LD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,90144
ポリマ－299,49318
非ポリマー2,40826
水28,0311556
1
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
a: paxillin LD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1005
ポリマ－49,9153
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fab Heavy Chain
D: Fab Light Chain
c: paxillin LD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2877
ポリマ－49,9153
非ポリマー3714
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Fab Heavy Chain
F: Fab Light Chain
e: paxillin LD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,66710
ポリマ－49,9153
非ポリマー7527
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Fab Heavy Chain
I: Fab Light Chain
g: paxillin LD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2847
ポリマ－49,9153
非ポリマー3684
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
H: Fab Heavy Chain
L: Fab Light Chain
h: paxillin LD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3288
ポリマ－49,9153
非ポリマー4125
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
J: Fab Heavy Chain
K: Fab Light Chain
j: paxillin LD4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2367
ポリマ－49,9153
非ポリマー3204
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.580, 138.120, 223.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 6分子 aceghj

#3: タンパク質・ペプチド
paxillin LD4


分子量: 1939.088 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P49023*PLUS

-
抗体 , 2種, 12分子 ACEGHJBDFIKL

#1: 抗体
Fab Heavy Chain / Fragment antigen-binding


分子量: 24261.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 詳細 (発現宿主): phoA promoter / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
Fab Light Chain / Fragment antigen-binding


分子量: 23714.400 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 詳細 (発現宿主): phoA promoter / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 1582分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド / アセチル基


分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG 8000, 0.1 M MES, 0.5 % n-Dodecyl-N,N-Dimethylamine-N-Oxide (LDAO)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→117.5 Å / Num. obs: 228060 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 37.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.997 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / % possible all: 84.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PGF

3pgf


解像度: 2→117.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 4.764 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 11412 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.226 216648 93.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→117.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20011 0 156 1556 21723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0220624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0213778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1691.95828012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7763.00333677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2252631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.22424.121762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.927153243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9921574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.23183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02122808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 644 -
Rwork0.387 12050 -
obs--72.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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