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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x67 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of elongating yeast RNA polymerase II stalled at oxidative Cyclopurine DNA lesions. | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / pol II elongation complex oxidative Cyclopurine DNA lesions / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / termination of RNA polymerase II transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / ペルオキシソーム / cytoplasmic stress granule / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, L. / Chong, J. / Wang, D. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015 タイトル: Mechanism of RNA polymerase II bypass of oxidative cyclopurine DNA lesions. 著者: Walmacq, C. / Wang, L. / Chong, J. / Scibelli, K. / Lubkowska, L. / Gnatt, A. / Brooks, P.J. / Wang, D. / Kashlev, M. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4x67.cif.gz | 742.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4x67.ent.gz | 595.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4x67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x67 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 ABCIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04050 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P16370 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P27999 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#4: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20434 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20435 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20436 |
#8: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22139 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40422 |
-RNA鎖 / DNA鎖 / 非ポリマー , 3種, 10分子 RT
#11: RNA鎖 | 分子量: 2879.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#12: DNA鎖 | 分子量: 8950.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#13: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
構成要素の詳細 | A 14 nt Non-Template DNA (CTG CTT ATC GGT AG) was not built into the final model due to the weak density |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.36 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 390 mM (NH4)2HPO4/NaH2PO4, PH 5.9-6.3, 50 mM dioxane, 10 mM DTT, and 10.7% - 11.6% PEG6000 PH範囲: 5.9-6.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 4.1→50 Å / Num. obs: 46515 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Rpim(I) all: 0.152 / Rrim(I) all: 0.27 / Χ2: 0.938 / Net I/av σ(I): 4.375 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 127175 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.861 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.794 / WRfactor Rfree: 0.2637 / WRfactor Rwork: 0.2165 / FOM work R set: 0.7322 / SU Rfree: 1.1286 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 258.36 Å2 / Biso mean: 86.315 Å2 / Biso min: 30.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.1→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4.098→4.204 Å / Total num. of bins used: 20
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