PDB-4x04: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x04

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM CITROBACTER KOSERI (CKO_04899, TARGET EFI-510094) WITH BOUND D-glucuronate

要素

solute binding protein

キーワード

SOLUTE BINDING PROTEIN /

ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI /

Structural Genomics (構造ゲノミクス)

機能・相同性

機能・相同性情報

organic substance transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter koseri (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM CITROBACTER KOSERI (CKO_04899, TARGET EFI-510094) WITH BOUND D-glucuronate
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. ...

履歴

登録	2014年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x04.cif.gz	483.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x04.ent.gz	395.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/4x04	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n8yS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4q3d-d 3p5c-d 4dhg-d 4j4h-d 5d1x-d 4c94-d 3ckr-d 1s78-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510094

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: solute binding protein

B: solute binding protein

C: solute binding protein

D: solute binding protein

ヘテロ分子

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.000, 175.000, 125.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-404- MG
2	1	C-513- HOH
3	1	C-515- HOH
4	1	C-525- HOH

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質

solute binding protein

分子量: 36773.602 Da / 分子数: 4 / 断片: solute binding protein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Citrobacter koseri (バクテリア) / 株: ATCC BAA-895 / CDC 4225-83 / SGSC4696 / 遺伝子: CKO_04899 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8AR30

#2: 糖

ChemComp-BDP / beta-D-glucopyranuronic acid / beta-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / β-D-グルコピラヌロン酸 /

グルクロン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpAb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-glucopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド /

塩化物

分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#5: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (43.2 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 5% Glycerol, 10 mM D-glucuronate); Reservoir (0.2 M Magnesium Chloride, 20 %(w/v) PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.5); Cryoprotection (80%(50%) PEG 3350,20% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54056 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54056 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 94018 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.42 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 0.97 / Net I/av σ(I): 24.586 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 803840

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	9.6	0.401	3297	0.967	99.5
2.54-2.59	9.7	0.362	3314	0.97	99.6
2.59-2.64	9.7	0.345	3340	0.96	99.7
2.64-2.69	9.8	0.299	3358	0.983	99.7
2.69-2.75	10	0.27	3311	0.997	99.7
2.75-2.82	10.1	0.243	3333	1.016	99.7
2.82-2.89	10.4	0.236	3348	1.011	99.8
2.89-2.96	10.7	0.209	3350	1.037	99.9
2.96-3.05	11	0.185	3345	1.039	100
3.05-3.15	11.4	0.158	3375	1.041	100
3.15-3.26	11.8	0.141	3378	1.039	100
3.26-3.39	12.3	0.12	3362	1.032	100
3.39-3.55	12.8	0.097	3370	1.034	100
3.55-3.73	13.2	0.089	3390	1.082	100
3.73-3.97	13.8	0.075	3403	0.968	100
3.97-4.27	14.3	0.058	3402	0.847	100
4.27-4.7	14.5	0.05	3429	0.799	100
4.7-5.38	14.5	0.052	3446	0.804	100
5.38-6.78	14.4	0.063	3492	0.871	100
6.78-50	13.1	0.052	3645	1.038	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4N8Y

4n8y

解像度: 2.5→40.73 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2048	4665	4.96 %	Random
R_work	0.1538	89353	-	-
obs	0.1564	94018	95.13 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.46 Å² / B_iso mean: 18.2322 Å² / B_iso min: 0.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→40.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9372	0	60	1020	10452
B_iso mean	-	-	12.06	23.53	-
残基数	-	-	-	-	1204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	12984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.349	3616

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.2689	95	0.2245	1995	2090	65
2.225-2.2512	0.2697	110	0.224	2139	2249	69
2.2512-2.2787	0.2727	125	0.214	2340	2465	75
2.2787-2.3075	0.2558	134	0.2045	2525	2659	82
2.3075-2.3379	0.2588	136	0.1998	2700	2836	87
2.3379-2.3699	0.2479	140	0.1954	2863	3003	92
2.3699-2.4037	0.2546	141	0.1805	2971	3112	96
2.4037-2.4396	0.2424	128	0.1804	2978	3106	96
2.4396-2.4777	0.2265	169	0.1818	3048	3217	97
2.4777-2.5183	0.2298	155	0.1884	3006	3161	98
2.5183-2.5618	0.2419	167	0.1789	3064	3231	99
2.5618-2.6083	0.2288	172	0.1661	3083	3255	99
2.6083-2.6585	0.2354	170	0.1645	3077	3247	99
2.6585-2.7127	0.2109	159	0.1562	3089	3248	100
2.7127-2.7717	0.227	174	0.1514	3091	3265	100
2.7717-2.8362	0.205	169	0.1626	3117	3286	100
2.8362-2.9071	0.217	146	0.1597	3120	3266	100
2.9071-2.9857	0.2431	168	0.1624	3106	3274	100
2.9857-3.0735	0.2169	170	0.1657	3100	3270	100
3.0735-3.1727	0.2105	173	0.1563	3122	3295	100
3.1727-3.286	0.2159	170	0.1516	3111	3281	100
3.286-3.4175	0.1702	155	0.1501	3147	3302	100
3.4175-3.573	0.1923	178	0.1407	3143	3321	100
3.573-3.7612	0.1994	178	0.1376	3104	3282	100
3.7612-3.9967	0.1681	173	0.1257	3163	3336	100
3.9967-4.3049	0.158	152	0.1135	3172	3324	100
4.3049-4.7376	0.1366	148	0.1073	3189	3337	100
4.7376-5.4217	0.157	164	0.1151	3210	3374	100
5.4217-6.8256	0.1731	161	0.1368	3253	3414	100
6.8256-40.7369	0.1791	185	0.148	3327	3512	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0091	-0.0014	-0.0005	0.0085	-0.0008	0.0007	0.0287	0.0023	0.0267	-0.0064	0.0101	-0.017	-0.0189	0.0026	0.0359	0.0284	0.0081	0.0935	0.0421	-0.0005	0.0321	212.1269	142.1547	-10.1727
2	0.0005	0	-0.0005	0.0004	0.0007	0.001	-0.0117	-0.0022	0.0012	0.0114	0.0039	-0.0158	-0.0077	-0.0029	0	0.0671	0.0226	0.0014	0.0979	-0.0116	0.0468	209.2444	130.8447	1.6768
3	0.0028	-0.0038	0.0015	0.0134	-0.0042	0.0036	0.0087	-0.0163	0.0105	-0.0031	-0.0225	-0.0111	-0.0104	-0.0008	-0.0098	-0.0341	0.0379	-0.0052	0.02	-0.0333	0.0678	193.9428	139.2762	1.1341
4	0.0008	-0.001	0.0019	0.0011	0.0024	0.0054	0.0001	-0.0104	0.0104	0.0086	-0.0085	0.0077	0.0034	0.0042	-0.0064	0.0349	0.002	0.0057	0.0463	-0.0538	0.063	200.3308	145.4204	6.2095
5	0.001	0.0004	-0.0021	0.0031	-0.0018	0.0028	-0.0111	-0.0005	-0.0176	-0.0045	-0.0226	0.0119	0.0168	-0.0114	-0.0008	0.0423	0.0134	0.009	0.084	-0.053	0.1088	184.8414	121.7296	-6.7565
6	0.003	0.0023	-0.0002	0.0014	0.0023	0.0021	0.0016	-0.0098	-0.0163	0.0066	0.011	0.0039	0.0041	-0.0018	0.0155	0.0071	0.0295	0.0282	0.0362	0.0127	0.0691	190.0209	121.1943	3.2944
7	0.0124	-0.0067	-0.009	0.0064	0.0034	0.0053	0.0178	-0.0327	-0.0479	0.0023	0.0105	-0.0094	0.0047	0.039	0	0.0515	0.0054	-0.0008	0.0829	-0.0071	0.0933	198.4175	128.2441	-5.4625
8	0.015	-0.0064	-0.0138	0.0091	-0.0018	0.0138	0.0247	0.0272	-0.007	-0.0427	0.0156	0.0307	-0.0476	-0.0218	0.001	0.0742	-0.0018	0.0115	0.0772	-0.0134	0.0899	193.2401	136.9003	-10.3336
9	0.0067	-0.0025	-0.0039	0.0081	-0.0061	0.011	-0.0003	-0.014	0.008	0.0046	-0.0045	0.0023	-0.0053	0.0047	-0.004	0.0543	0.028	-0.0029	0.0972	-0.0499	0.1014	182.7381	140.1972	8.9785
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28	0.0146	-0.0004	0.0131	0.0005	-0.0006	0.0103	0.0132	-0.0156	-0.0321	-0.0017	0.019	-0.0126	0.0227	0.0267	0.0379	0.0197	0.0866	-0.0303	0.0001	0.0782	-0.0218	229.4103	108.3986	-2.0464
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34	0.0005	0.0003	0.0008	0.0013	0.0001	0.0007	-0.0143	0.0029	-0.0033	-0.009	-0.0087	0.0096	-0.0082	-0.0035	-0	0.2347	0.0879	-0.0162	0.1627	0.0005	0.1907	229.897	96.5613	-7.6817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 66 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 83 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 84 through 124 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 125 through 148 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 149 through 167 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 168 through 195 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 253 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 254 through 305 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 306 through 327 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 27 through 66 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 67 through 83 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 84 through 148 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 149 through 187 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 188 through 305 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 306 through 327 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 27 through 56 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 57 through 73 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 74 through 114 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 115 through 136 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 137 through 167 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 168 through 187 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 188 through 253 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 254 through 288 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 289 through 313 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 314 through 327 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 27 through 66 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 67 through 107 )	D
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 108 through 148 )	D
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 149 through 167 )	D
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 168 through 195 )	D
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 196 through 253 )	D
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 254 through 288 )	D
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 289 through 313 )	D
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 314 through 327 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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