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- PDB-4wh4: Protein GB1 Quadruple Mutant I6H/N8H/K28H/Q32H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wh4
タイトルProtein GB1 Quadruple Mutant I6H/N8H/K28H/Q32H
要素Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードSIGNALING PROTEIN / Immunoglobulin-Binding Domain
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. group G (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cunningham, T.C. / Horne, W.S. / Saxena, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB 1157712 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: The double-histidine Cu2+-binding motif: a highly rigid, site-specific spin probe for electron spin resonance distance measurements.
著者: Cunningham, T.F. / Putterman, M.R. / Desai, A. / Horne, W.S. / Saxena, S.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G
B: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1508
ポリマ－12,5942
非ポリマー5576
水52229
1
A: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6695
ポリマ－6,2971
非ポリマー3724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Immunoglobulin G-binding protein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4813
ポリマ－6,2971
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.287, 74.287, 41.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G


分子量: 6296.827 Da / 分子数: 2 / 変異: I6H/N8H/K28H/Q32H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア)
遺伝子: spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19909
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月5日
放射モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→32.17 Å / Num. obs: 6876 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.9_1690) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QMT

2qmt


解像度: 2.2→32.167 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 697 10.19 %
Rwork0.2013 --
obs0.2068 6837 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数888 0 35 29 952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6471265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.947318
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.36980.33511350.26471200X-RAY DIFFRACTION98
2.3698-2.60820.29231390.25361191X-RAY DIFFRACTION99
2.6082-2.98540.3181350.25351223X-RAY DIFFRACTION99
2.9854-3.76040.28341370.19731245X-RAY DIFFRACTION100
3.7604-32.17090.20391510.16871281X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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