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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4w8j | ||||||
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タイトル | Structure of the full-length insecticidal protein Cry1Ac reveals intriguing details of toxin packaging into in vivo formed crystals | ||||||
要素 | Pesticidal crystal protein cry1Ac | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / insecticidal (殺虫剤) / pore forming / protoxin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated killing of host cell / sporulation resulting in formation of a cellular spore / toxin activity / signaling receptor binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD73 (バチルス・チューリンゲンシス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Evdokimov, A.G. / Moshiri, F. / Sturman, E.J. / Rydel, T.J. / Zheng, M. / Seale, J.W. / Franklin, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014 タイトル: Structure of the full-length insecticidal protein Cry1Ac reveals intriguing details of toxin packaging into in vivo formed crystals. 著者: Evdokimov, A.G. / Moshiri, F. / Sturman, E.J. / Rydel, T.J. / Zheng, M. / Seale, J.W. / Franklin, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4w8j.cif.gz | 217.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4w8j.ent.gz | 168.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4w8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/4w8j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 133981.031 Da / 分子数: 1 変異: C661S,C730S,C796S,C802S,C814S,C816S,C822S,C837S,C990S,C1025S,C1045S,C1063S,C1076S,C1125S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD73 (バチルス・チューリンゲンシス) 遺伝子: HD73_6004 / プラスミド: pCry1Ac 詳細 (発現宿主): sporulation promoter, chloramphenicol resistance 発現宿主: Bacillus thuringiensis (バチルス・チューリンゲンシス) 株 (発現宿主): EG10650 / 参照: UniProt: M4LET9, UniProt: P05068*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.09 % / 解説: tetragonal bipyramid |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.84 詳細: 600 nL of 13 mg/mL protein in 20 mM ethanolamine buffer with 0.35 M NaCl was mixed with 600 nL of 700 mM sodium-potassium tartrate, 100 mM BIS-TRIS propane pH 7.84 and 120 nL of 9 mM n-decyl ...詳細: 600 nL of 13 mg/mL protein in 20 mM ethanolamine buffer with 0.35 M NaCl was mixed with 600 nL of 700 mM sodium-potassium tartrate, 100 mM BIS-TRIS propane pH 7.84 and 120 nL of 9 mM n-decyl thiomaltoside, and the resulting 1.2 uL sitting drop was allowed to equili- brate against 80uL of the tartrate/BIS-TRIS propane reservoir solution at 19C. PH範囲: 7.8-7.9 |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.78→87 Å / Num. obs: 26818 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.78→2.9 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in house 解像度: 2.78→82.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 18.927 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.539 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.344 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.78→82.97 Å
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拘束条件 |
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