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万見
- PDB-4v91: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v91
タイトルKluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
要素
  • 25S RRNA
  • 5.8S RRNA5.8SリボソームRNA
  • 5S RRNA5SリボソームRNA
  • EL13
  • EL14
  • EL15スバルのエンジン系列名
  • EL18
  • EL19
  • EL20
  • EL21
  • EL22
  • EL24
  • EL27
  • EL29
  • EL30
  • EL31
  • EL32CD59
  • EL33
  • EL34
  • EL36
  • EL37
  • EL38
  • EL39
  • EL40
  • EL41
  • EL42
  • EL43
  • EL6
  • EL8
  • UL1
  • UL13
  • UL14
  • UL15
  • UL16
  • UL18
  • UL2
  • UL22
  • UL23
  • UL24
  • UL29
  • UL3
  • UL30
  • UL4
  • UL5
  • UL6
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / TRANSLATION (翻訳 (生物学)) / INITIATION / IRES
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Fernandez, I.S. / Bai, X. / Scheres, S.H.W. / Ramakrishnan, V.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Initiation of translation by cricket paralysis virus IRES requires its translocation in the ribosome.
著者: Israel S Fernández / Xiao-Chen Bai / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan /
要旨: The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By ...The cricket paralysis virus internal ribosome entry site (CrPV-IRES) is a folded structure in a viral mRNA that allows initiation of translation in the absence of any host initiation factors. By using recent advances in single-particle electron cryomicroscopy, we have solved the structure of CrPV-IRES bound to the ribosome of the yeast Kluyveromyces lactis in both the canonical and rotated states at overall resolutions of 3.7 and 3.8 Å, respectively. In both states, the pseudoknot PKI of the CrPV-IRES mimics a tRNA/mRNA interaction in the decoding center of the A site of the 40S ribosomal subunit. The structure and accompanying factor-binding data show that CrPV-IRES binding mimics a pretranslocation rather than initiation state of the ribosome. Translocation of the IRES by elongation factor 2 (eEF2) is required to bring the first codon of the mRNA into the A site and to allow the start of translation.
履歴
登録2014年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4CUV, 4CUW
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月22日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software ...atom_site / em_software / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
改定 2.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_database_status
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2599
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2599
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 25S RRNA
3: 5S RRNA
4: 5.8S RRNA
A: UL2
B: UL3
C: UL4
D: UL18
E: EL6
F: UL30
G: EL8
H: UL6
I: UL16
J: UL5
L: EL13
M: EL14
N: EL15
O: UL13
P: UL22
Q: EL18
R: EL19
S: EL20
T: EL21
U: EL22
V: UL14
W: EL24
X: UL23
Y: UL24
Z: EL27
a: UL15
b: EL29
c: EL30
d: EL31
e: EL32
f: EL33
g: EL34
h: UL29
i: EL36
j: EL37
k: EL38
l: EL39
m: EL40
n: EL41
o: EL42
p: EL43
t: UL1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,977,85945
ポリマ－1,977,85945
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 134

#1: RNA鎖 25S RRNA


分子量: 1097866.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#2: RNA鎖 5S RRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#3: RNA鎖 5.8S RRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)

+
タンパク質 , 41種, 41分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#4: タンパク質 UL2


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL2 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#5: タンパク質 UL3


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL3 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#6: タンパク質 UL4


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL4 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#7: タンパク質 UL18


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL18 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#8: タンパク質 EL6


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL6 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#9: タンパク質 UL30


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL30 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#10: タンパク質 EL8


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL8 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#11: タンパク質 UL6


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL6 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#12: タンパク質 UL16


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL16 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#13: タンパク質 UL5


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL5 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#14: タンパク質 EL13


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL13 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#15: タンパク質 EL14


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL14 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#16: タンパク質 EL15 / スバルのエンジン系列名


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL15 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#17: タンパク質 UL13


分子量: 44476.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL13 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#18: タンパク質 UL22


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL2 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#19: タンパク質 EL18


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL18 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#20: タンパク質 EL19


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL19 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#21: タンパク質 EL20


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL20 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#22: タンパク質 EL21 /


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL21 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#23: タンパク質 EL22


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL22 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#24: タンパク質 UL14


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL14 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#25: タンパク質 EL24


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL24 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#26: タンパク質 UL23


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL23 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#27: タンパク質 UL24


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL24 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#28: タンパク質 EL27


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL27 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#29: タンパク質 UL15


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL15 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#30: タンパク質 EL29


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL29 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#31: タンパク質 EL30


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL30 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#32: タンパク質 EL31


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL31 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#33: タンパク質 EL32 / CD59


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL32 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#34: タンパク質 EL33


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL33 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#35: タンパク質 EL34 /


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL34 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#36: タンパク質 UL29


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL29 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#37: タンパク質 EL36


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL36 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#38: タンパク質 EL37


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL37 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#39: タンパク質 EL38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL38 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#40: タンパク質 EL39


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL39 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#41: タンパク質 EL40


分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL40 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#43: タンパク質 EL42


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL42 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#44: タンパク質 EL43


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL43 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)
#45: タンパク質 UL1


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN UL1 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 n

#42: タンパク質・ペプチド EL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: RIBOSOMAL PROTEIN EL41 / 由来: (天然) KLUYVEROMYCES LACTIS (酵母)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Kluyveromyces lactis 80S ribosome in complex with CrPV-IRES
タイプ: RIBOSOME
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: PROPANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2013年7月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 47000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 1900
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3RELION３次元再構成
CTF補正詳細: EACH PARTICLE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: RELIONList of Walmart brands / 解像度: 3.7 Å / 粒子像の数: 18132 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 60 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-FACTOR, FSC / 詳細: METHOD--FLEXIBLE
原子モデル構築PDB-ID: 3B31

3b31

精密化最高解像度: 3.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 74446 0 0 74446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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