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- PDB-4v62: Crystal Structure of cyanobacterial Photosystem II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v62
タイトルCrystal Structure of cyanobacterial Photosystem II
要素
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Photosystem II ...光化学系II) x 15
  • Cytochrome c-550
  • Photosystem Q(B) protein
  • Protein ycf12
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / ELECTRON TRANSPORT photosystem / ps ii (光化学系II) / ps2 / membrane complex (生体膜) / transmembrane alpha-helix (膜貫通型ドメイン) / Herbicide resistance (除草剤) / Iron (鉄) / Metal-binding / Photosynthesis (光合成) / Photosystem II (光化学系II) / Thylakoid (チラコイド) / Heme (ヘム) / Reaction center / Manganese (マンガン)
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide ...チラコイド / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 ...Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / OXYGEN EVOLVING SYSTEM / フェオフィチン ...Β-カロテン / 炭酸水素塩 / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / OXYGEN EVOLVING SYSTEM / フェオフィチン / Chem-PL9 / Chem-SQD / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II protein D1 1 / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein M / Photosystem II reaction center X protein / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II extrinsic protein U / Photosystem II reaction center protein X
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Guskov, A. / Gabdulkhakov, A. / Kern, J. / Broser, M. / Zouni, A. / Saenger, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Cyanobacterial photosystem II at 2.9-A resolution and the role of quinones, lipids, channels and chloride
著者: Guskov, A. / Kern, J. / Gabdulkhakov, A. / Broser, M. / Zouni, A. / Saenger, W.
履歴
登録2008年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3BZ1, 3BZ2
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 2.02023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: Photosystem Q(B) protein
AB: Photosystem II core light harvesting protein
AC: Photosystem II CP43 protein
AD: Photosystem II reaction center D2 protein
AE: Cytochrome b559 subunit alpha
AF: Cytochrome b559 subunit beta
AH: Photosystem II reaction center protein H
AI: Photosystem II reaction center protein I
AJ: Photosystem II reaction center protein J
AK: Photosystem II reaction center protein K
AL: Photosystem II reaction center protein L
AM: Photosystem II reaction center protein M
AO: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
AT: Photosystem II reaction center protein T
AU: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
AV: Cytochrome c-550
Ay: Protein ycf12
AX: Photosystem II PsbX protein
AY: Photosystem II protein Y
AZ: Photosystem II reaction center protein Z
BA: Photosystem Q(B) protein
BB: Photosystem II core light harvesting protein
BC: Photosystem II CP43 protein
BD: Photosystem II reaction center D2 protein
BE: Cytochrome b559 subunit alpha
BF: Cytochrome b559 subunit beta
BH: Photosystem II reaction center protein H
BI: Photosystem II reaction center protein I
BJ: Photosystem II reaction center protein J
BK: Photosystem II reaction center protein K
BL: Photosystem II reaction center protein L
BM: Photosystem II reaction center protein M
BO: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
BT: Photosystem II reaction center protein T
BU: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
BV: Cytochrome c-550
By: Protein ycf12
BX: Photosystem II PsbX protein
BY: Photosystem II protein Y
BZ: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)747,447224
ポリマ－611,86040
非ポリマー135,587184
水0
1
AA: Photosystem Q(B) protein
AB: Photosystem II core light harvesting protein
AC: Photosystem II CP43 protein
AD: Photosystem II reaction center D2 protein
AE: Cytochrome b559 subunit alpha
AF: Cytochrome b559 subunit beta
AH: Photosystem II reaction center protein H
AI: Photosystem II reaction center protein I
AJ: Photosystem II reaction center protein J
AK: Photosystem II reaction center protein K
AL: Photosystem II reaction center protein L
AM: Photosystem II reaction center protein M
AO: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
AT: Photosystem II reaction center protein T
AU: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
AV: Cytochrome c-550
Ay: Protein ycf12
AX: Photosystem II PsbX protein
AY: Photosystem II protein Y
AZ: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)374,253113
ポリマ－305,93020
非ポリマー68,32293
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BA: Photosystem Q(B) protein
BB: Photosystem II core light harvesting protein
BC: Photosystem II CP43 protein
BD: Photosystem II reaction center D2 protein
BE: Cytochrome b559 subunit alpha
BF: Cytochrome b559 subunit beta
BH: Photosystem II reaction center protein H
BI: Photosystem II reaction center protein I
BJ: Photosystem II reaction center protein J
BK: Photosystem II reaction center protein K
BL: Photosystem II reaction center protein L
BM: Photosystem II reaction center protein M
BO: Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
BT: Photosystem II reaction center protein T
BU: Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
BV: Cytochrome c-550
By: Protein ycf12
BX: Photosystem II PsbX protein
BY: Photosystem II protein Y
BZ: Photosystem II reaction center protein Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,195111
ポリマ－305,93020
非ポリマー67,26591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.692, 225.403, 306.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 AABAAVBV

#1: タンパク質 Photosystem Q(B) protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II protein D1


分子量: 38265.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-344 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A444
#16: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c / Cytochrome c-549


分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A386

-
Photosystem II ... , 15種, 30分子 ABBBACBCADBDAHBHAIBIAJBJAKBKALBLAMBMAOBOATBTAUBUAXBXAYBYAZBZ

#2: タンパク質 Photosystem II core light harvesting protein / 光化学系II


分子量: 56656.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ1
#3: タンパク質 Photosystem II CP43 protein / 光化学系II


分子量: 51666.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIF8
#4: タンパク質 Photosystem II reaction center D2 protein / 光化学系II


分子量: 39388.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8CM25
#7: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / 光化学系II / PSII-H


分子量: 7358.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJ43
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / 光化学系II / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein


分子量: 4410.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJZ6
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / 光化学系II / PSII-J


分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P59087
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / 光化学系II / PSII-K


分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1K9
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / 光化学系II / PSII-L / PSII 5 kDa protein


分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN8
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / 光化学系II / PSII-M


分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHA7
#13: タンパク質 Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide / 光化学系II / MSP


分子量: 26923.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: P0A431
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / 光化学系II / PSII-T / PSII-Tc


分子量: 3878.728 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIQ0
#15: タンパク質 Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / 光化学系II / PS II complex 12 kDa extrinsic protein / PSII-U


分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-134 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q9F1L5
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem II PsbX protein / 光化学系II


分子量: 5235.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHE6, UniProt: Q9F1R6*PLUS
#19: タンパク質・ペプチド Photosystem II protein Y / 光化学系II


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1
#20: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / 光化学系II / PSII-Z


分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DHJ2

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 AEBEAFBF

#5: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / / PSII reaction center subunit V


分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIP0
#6: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / / PSII reaction center subunit VI


分子量: 5067.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DIN9

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 AyBy

#17: タンパク質・ペプチド Protein ycf12


分子量: 5039.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
株: BP-1 / 参照: UniProt: Q8DJI1

-
糖 , 2種, 28分子

#27: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#32: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 13種, 156分子

#21: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#24: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9 / プラストキノン


分子量: 749.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#25: 化合物 ChemComp-OEC / OXYGEN EVOLVING SYSTEM


分子量: 323.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O4
#26: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#28: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#30: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#31: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#33: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / 炭酸水素塩


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#34: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#35: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
詳細

配列の詳細CHAIN Y:THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. BUT THEY DON'T KNOW IF THE FIRST RESIDUE OF THE CHAIN IS ...CHAIN Y:THE DEPOSITORS KNOW THE SEQUENCE. BUT THEY DON'T KNOW IF THE FIRST RESIDUE OF THE CHAIN IS REALLY THE FIRST OF THE SEQUENCE. MET GLY MET ASP TRP ARG VAL LEU VAL VAL LEU LEU PRO VAL LEU LEU ALA ALA GLY TRP ALA VAL ARG ASN ILE LEU PRO TYR ALA VAL LYS GLN VAL GLN LYS LEU LEU GLN LYS ALA LYS ALA ALA DBREF (Q8DIF8) WAS UPDATED (VERSION 38) AND THESE REGIONS WERE EXISTED WHEN PROCESSING (VERSION 30).

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 7
詳細: PEG2000, PIPES, magnesium chloride, pH7.0, batch, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月24日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 193457 / Num. obs: 193457 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 73.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / Num. unique all: 18331 / Rsym value: 0.533 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AXT

2axt


解像度: 2.9→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 6757704.45 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 3742 2 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 186169 97.7 %-
all-193457 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.8578 Å2 / ksol: 0.331383 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-30.22 Å20 Å20 Å2
2---6.56 Å20 Å2
3----23.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.46 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.66 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20526 0 4591 0 25117
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.162.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.428 616 2 %
Rwork0.407 29843 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3cof-new3.paramcof-new3.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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